AlexsLemonade/training-modules

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• Spatial module updates: October 2026 training

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  难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100

  AlexsLemonade/training-modules#1115 · 2026年10月12日 创建

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• restrict threads for RCTD

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  难度 1/5 1-3 小时 新手友好度 65/100

  AlexsLemonade/training-modules#1112 · 2026年10月7日 创建

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• Add C8 to notebooks that introduce msigbdr

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  难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 70/100

  AlexsLemonade/training-modules#1016 · 2026年6月11日 创建

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• Swap size -> linewidth

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  难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 72/100

  AlexsLemonade/training-modules#1015 · 2026年6月10日 创建

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• 2026 Intro scRNA-seq workshop fixes

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  难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 72/100

  AlexsLemonade/training-modules#997 · 3 条评论 · 2026年5月13日 创建

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• Potentially update GSEA notebook gmt file handling

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  难度 3/5 1-2 天 新手友好度 55/100

  AlexsLemonade/training-modules#991 · 2026年5月7日 创建

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• Expand data maintenance documentation

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  AlexsLemonade/training-modules#973 · 2 条评论 · 2026年4月17日 创建

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• Update external workshop instructions for new server

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  难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 64/100

  AlexsLemonade/training-modules#970 · 2026年4月17日 创建

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• Update spatial cheatsheet links to point to rdrr

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  AlexsLemonade/training-modules#963 · 2026年4月13日 创建

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• Ignore data files for gitignore.user

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  难度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100

  AlexsLemonade/training-modules#799 · 1 条评论 · 2024年8月21日 创建

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• Consider changing default branch to `main`

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  难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100

  AlexsLemonade/training-modules#750 · 2023年8月25日 创建

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• What is the future of rdrr?

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  难度 5/5 一周以上 新手友好度 20/100

  AlexsLemonade/training-modules#706 · 3 条评论 · 2023年4月13日 创建

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• Cheatsheets reorganized by topic

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  nice to have

  难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100

  AlexsLemonade/training-modules#683 · 2023年3月23日 创建

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• Nice to have for scAdvanced: resource document covering differential cell type abundance

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  AlexsLemonade/training-modules#604 · 1 条评论 · 2023年1月3日 创建

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• Consider a separate directory for reference files

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  难度 4/5 3-5 天 新手友好度 30/100

  AlexsLemonade/training-modules#557 · 1 条评论 · 2022年9月23日 创建

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• Update links in RNA-seq, pathway-analysis, and machine-learning cheatsheets

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  AlexsLemonade/training-modules#528 · 1 条评论 · 2022年3月3日 创建

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• Add rendering of module cheatsheets to make-live workflow

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  难度 3/5 1-2 天 新手友好度 48/100

  AlexsLemonade/training-modules#523 · 2022年2月28日 创建

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• DESeqDatasetFromMatrix() doesn’t like tibbles?

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  AlexsLemonade/training-modules#448 · 1 条评论 · 2021年3月26日 创建

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• Fix rendering of character vectors

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  AlexsLemonade/training-modules#443 · 2 条评论 · 2021年3月15日 创建

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• Decide on consistent terms in intro to R: environment/workspace

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  AlexsLemonade/training-modules#413 · 2021年3月3日 创建

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• Add exercise notebook dev to contributing

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  AlexsLemonade/training-modules#396 · 1 个 reaction · 2021年2月28日 创建

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• Add option in `make-live.R` to only render

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  AlexsLemonade/training-modules#389 · 1 条评论 · 2021年2月25日 创建

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• Set width parameter for consistent rendering

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  AlexsLemonade/training-modules#370 · 2021年2月22日 创建

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• Run two gastric samples for bulk RNA-seq

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  AlexsLemonade/training-modules#368 · 3 条评论 · 2021年2月22日 创建

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• GHA: Submit a PR with rendered and live versions of notebook upon merge to master

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  automate all the things

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  AlexsLemonade/training-modules#359 · 3 条评论 · 2021年2月20日 创建

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• Contributing guidelines for adding input files to /shared

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  AlexsLemonade/training-modules#357 · 2021年2月20日 创建

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• CONTRIBUTING: Guidelines for numbering and naming notebooks

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  AlexsLemonade/training-modules#352 · 2021年2月19日 创建

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• Update directory layout in scRNA-seq modules

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  AlexsLemonade/training-modules#341 · 2021年2月17日 创建

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• Revisit setting repos in `.Rprofile` once we have more information about server installation

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  AlexsLemonade/training-modules#308 · 2021年2月2日 创建

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• [Idea] What's a gene identifier anyway? Add resources for people with this question

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  AlexsLemonade/training-modules#288 · 2020年7月30日 创建

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• What is dimension reduction anyway?

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  AlexsLemonade/training-modules#286 · 2020年7月29日 创建

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• include doublet detection in scRNA-seq

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  AlexsLemonade/training-modules#285 · 1 个 reaction · 2020年7月29日 创建

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• Update tag-based workflow diagrams to include tximport

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  AlexsLemonade/training-modules#284 · 2020年7月27日 创建

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• Talk about scRNA-seq memory usage and rm()

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  AlexsLemonade/training-modules#250 · 1 条评论 · 2020年7月13日 创建

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• Discussion: Directory structure for modules on server

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  AlexsLemonade/training-modules#246 · 5 条评论 · 2020年7月8日 创建

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• Suggestion from participant: Show directory structure more

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  AlexsLemonade/training-modules#239 · 2020年6月25日 创建

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• Link `refinebio-examples/batch-effects` to RNA-seq module

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  AlexsLemonade/training-modules#129 · 2019年7月16日 创建

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• Include more analogies

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  AlexsLemonade/training-modules#122 · 1 条评论 · 2019年7月11日 创建

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• two-gene scatterplot

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  AlexsLemonade/training-modules#107 · 5 条评论 · 2018年7月19日 创建

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• scRNA-seq-advanced: investigate changes for harmony 2

  可能已有人在做 关联的 PR 仍在进行中或已合并。 未关闭

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  AlexsLemonade/training-modules#1095 · 2 条评论 · 2026年9月29日 创建

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