AlexsLemonade/training-modules

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• Add C8 to notebooks that introduce msigbdr

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 70/100

  AlexsLemonade/training-modules#1016 · 2026年6月11日 に作成

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• Swap size -> linewidth

  オープン

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100

  AlexsLemonade/training-modules#1015 · 2026年6月10日 に作成

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• Write slides for spatial workshop

  オープン

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  Epic

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 38/100

  AlexsLemonade/training-modules#1014 · 2026年6月8日 に作成

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• 2026 Intro scRNA-seq workshop fixes

  オープン

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  難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 72/100

  AlexsLemonade/training-modules#997 · コメント 3 件 · 2026年5月13日 に作成

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• Potentially update GSEA notebook gmt file handling

  オープン

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 55/100

  AlexsLemonade/training-modules#991 · 2026年5月7日 に作成

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• Expand data maintenance documentation

  再び着手できるかも @allyhawkins が 48 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  AlexsLemonade/training-modules#973 · コメント 2 件 · 2026年4月17日 に作成

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• Update external workshop instructions for new server

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 64/100

  AlexsLemonade/training-modules#970 · 2026年4月17日 に作成

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• Update spatial cheatsheet links to point to rdrr

  オープン

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  AlexsLemonade/training-modules#963 · 2026年4月13日 に作成

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• Update how we install Python packages in Docker

  再び着手できるかも このイシューのプルリクエストはマージされずにクローズされました。 オープン

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  AlexsLemonade/training-modules#885 · 2026年1月21日 に作成

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• Ignore data files for gitignore.user

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  AlexsLemonade/training-modules#799 · コメント 1 件 · 2024年8月21日 に作成

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• Consider changing default branch to `main`

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  AlexsLemonade/training-modules#750 · 2023年8月25日 に作成

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• What is the future of rdrr?

  オープン

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

  AlexsLemonade/training-modules#706 · コメント 3 件 · 2023年4月13日 に作成

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• Cheatsheets reorganized by topic

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  nice to have

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  AlexsLemonade/training-modules#683 · 2023年3月23日 に作成

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• Nice to have for scAdvanced: resource document covering differential cell type abundance

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  AlexsLemonade/training-modules#604 · コメント 1 件 · 2023年1月3日 に作成

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• Consider a separate directory for reference files

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

  AlexsLemonade/training-modules#557 · コメント 1 件 · 2022年9月23日 に作成

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• Update links in RNA-seq, pathway-analysis, and machine-learning cheatsheets

  オープン

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  難易度 2/5 半日 初心者へのやさしさ 55/100

  AlexsLemonade/training-modules#528 · コメント 1 件 · 2022年3月3日 に作成

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• Add rendering of module cheatsheets to make-live workflow

  オープン

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100

  AlexsLemonade/training-modules#523 · 2022年2月28日 に作成

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• DESeqDatasetFromMatrix() doesn’t like tibbles?

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 45/100

  AlexsLemonade/training-modules#448 · コメント 1 件 · 2021年3月26日 に作成

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• Fix rendering of character vectors

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  AlexsLemonade/training-modules#443 · コメント 2 件 · 2021年3月15日 に作成

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• Decide on consistent terms in intro to R: environment/workspace

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  AlexsLemonade/training-modules#413 · 2021年3月3日 に作成

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• Add exercise notebook dev to contributing

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  contributing

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  AlexsLemonade/training-modules#396 · リアクション 1 件 · 2021年2月28日 に作成

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• Add option in `make-live.R` to only render

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  AlexsLemonade/training-modules#389 · コメント 1 件 · 2021年2月25日 に作成

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• Set width parameter for consistent rendering

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  AlexsLemonade/training-modules#370 · 2021年2月22日 に作成

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• Run two gastric samples for bulk RNA-seq

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  AlexsLemonade/training-modules#368 · コメント 3 件 · 2021年2月22日 に作成

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• GHA: Submit a PR with rendered and live versions of notebook upon merge to master

  オープン

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  automate all the things

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  AlexsLemonade/training-modules#359 · コメント 3 件 · 2021年2月20日 に作成

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• Contributing guidelines for adding input files to /shared

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  AlexsLemonade/training-modules#357 · 2021年2月20日 に作成

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• CONTRIBUTING: Guidelines for numbering and naming notebooks

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  AlexsLemonade/training-modules#352 · 2021年2月19日 に作成

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• Update directory layout in scRNA-seq modules

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 42/100

  AlexsLemonade/training-modules#341 · 2021年2月17日 に作成

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• Revisit setting repos in `.Rprofile` once we have more information about server installation

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  AlexsLemonade/training-modules#308 · 2021年2月2日 に作成

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• [Idea] What's a gene identifier anyway? Add resources for people with this question

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  AlexsLemonade/training-modules#288 · 2020年7月30日 に作成

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• What is dimension reduction anyway?

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  AlexsLemonade/training-modules#286 · 2020年7月29日 に作成

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• include doublet detection in scRNA-seq

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  AlexsLemonade/training-modules#285 · リアクション 1 件 · 2020年7月29日 に作成

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• Update tag-based workflow diagrams to include tximport

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  AlexsLemonade/training-modules#284 · 2020年7月27日 に作成

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• Talk about scRNA-seq memory usage and rm()

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  AlexsLemonade/training-modules#250 · コメント 1 件 · 2020年7月13日 に作成

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• Discussion: Directory structure for modules on server

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  discussion

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  AlexsLemonade/training-modules#246 · コメント 5 件 · 2020年7月8日 に作成

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• Suggestion from participant: Show directory structure more

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  AlexsLemonade/training-modules#239 · 2020年6月25日 に作成

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• Link `refinebio-examples/batch-effects` to RNA-seq module

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  AlexsLemonade/training-modules#129 · 2019年7月16日 に作成

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• Include more analogies

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  AlexsLemonade/training-modules#122 · コメント 1 件 · 2019年7月11日 に作成

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• two-gene scatterplot

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  AlexsLemonade/training-modules#107 · コメント 5 件 · 2018年7月19日 に作成

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• scRNA-seq-advanced: investigate changes for harmony 2

  対応中かも このイシューにリンクされたプルリクエストがオープン中、またはマージ済みです。 オープン

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  AlexsLemonade/training-modules#1095 · コメント 2 件 · 2026年9月29日 に作成

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