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refinebio
Refine.bio harmonizes petabytes of publicly available biological data into ready-to-use datasets for cancer researchers and AI/ML scienti...

Python · 135 个 star
training-modules
A collection of modules that are combined into 1-5 day workshops on computational topics for the childhood cancer research community.

HTML · 79 个 star
scpca-nf
scpca-nf is the Nextflow workflow for processing Single-cell Pediatric Cancer Atlas Portal data

R · 19 个 star
OpenScPCA-analysis
An open, collaborative project to analyze data from the Single-cell Pediatric Cancer Atlas (ScPCA) Portal

HTML · 16 个 star
refinebio-examples
Example workflows for refine.bio data

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refinebio-frontend
Frontend app for refine.bio

JavaScript · 7 个 star
exrcise
Selectively Excise Code Chunks for Exercises

R · 4 个 star
scpca-portal
Single-cell Pediatric Cancer Atlas Portal is a growing database of uniformly processed single-cell data from pediatric cancer tumors and ...

JavaScript · 4 个 star
cranlock
Lock our R dependencies to specific versions.

Python · 2 个 star
ScPCAr
An R package for interacting with the ScPCA Portal API

R · 2 个 star
OpenScPCA-nf
A workflow for running OpenScPCA analysis modules

R · 2 个 star
refinebio-design
Design files and resources for refine.bio

Python · 1 个 star
scRNA-seq_sandbox
Exploring some scRNA-seq methodologies, not a full-fledged pipeline ready for use

R · 1 个 star
refinebio-docs
User Documentation for refine.bio

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Only the IterativeSVD algorithm from iskandr/fancyimpute to make dependency resolution easier.

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refinebio-py
A python client for the refine.bio API.

Python · 1 个 star
resources-portal

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scpcaTools

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Repository for Reproducible Research Practices Training Workshop

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restrict threads for RCTD
未关闭
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难度 1/5 1-3 小时新手友好度 65/100

AlexsLemonade/training-modules#1112 · 2026年10月7日创建

维护者通常 1 天内回复
Analysis module failing in CI
未关闭
- 哪里不对？
ci OpenScPCA admin

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1438 · 2026年10月6日创建
Create a release: 2026-10-05
未关闭
- 哪里不对？
release

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1437 · 2026年10月5日创建
Analysis module failing in CI
未关闭
- 哪里不对？
ci OpenScPCA admin

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1436 · 2026年10月3日创建
Monthly spellcheck results
未关闭
- 哪里不对？
OpenScPCA admin spelling

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1434 · 2026年9月15日创建
Compare Outputs of Feature Dev Stack and Staging Data Loading
可能重新可做 @avrohomgottlieb 于 38 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
AlexsLemonade/scpca-portal#2087 · 已指派 1 人 · 2026年8月31日创建

维护者通常 4 天内回复
Create an individual metaprogram report
可能重新可做 @allyhawkins 于 40 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
AlexsLemonade/metafactory#23 · 已指派 1 人 · 2026年8月28日创建
Update how the sample type is defined
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

AlexsLemonade/scpca-nf#1332 · 2026年8月17日创建
Sample and Library Models Test Coverage
未关闭
- 哪里不对？
API

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

AlexsLemonade/scpca-portal#2063 · 2026年8月6日创建

维护者通常 4 天内回复
Evaluate reference approach for annotating osteosarcoma samples
可能重新可做 @allyhawkins 于 36 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
analysis

AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1424 · 1 条评论 · 2026年8月3日创建
Discussion: Tie checkpoints to releases
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

AlexsLemonade/scpca-nf#1325 · 2026年8月3日创建
Indicate that doublet columns will be NA if scDblFinder failed
可能重新可做 @allyhawkins 于 69 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
AlexsLemonade/scpca-docs#514 · 已指派 1 人 · 2026年7月31日创建
Remove legacy code in loadable-resource feature branch
可能重新可做 @avrohomgottlieb 于 80 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
AlexsLemonade/scpca-portal#2048 · 已指派 1 人 · 2026年7月20日创建

维护者通常 4 天内回复
Add script to train SingleR model
可能重新可做 @allyhawkins 于 40 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
analysis

AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1414 · 2026年7月6日创建
Add script to prepare references for use
可能重新可做 @allyhawkins 于 44 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
analysis

AlexsLemonade/OpenScPCA-analysis#1413 · 1 条评论 · 2026年7月6日创建
download_project() fails with more than one project id
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 74/100

AlexsLemonade/ScPCAr#55 · 1 条评论 · 2026年7月1日创建
Generalize Cron Failure Notifications
未关闭
- 哪里不对？
Epic

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

AlexsLemonade/scpca-portal#2001 · 2026年6月18日创建

维护者通常 4 天内回复
Remove support for ComputedFiles
未关闭
- 哪里不对？
Epic

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

AlexsLemonade/scpca-portal#2000 · 2026年6月18日创建

维护者通常 4 天内回复
Add C8 to notebooks that introduce msigbdr
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 70/100

AlexsLemonade/training-modules#1016 · 2026年6月11日创建

维护者通常 1 天内回复
Swap size -> linewidth
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

AlexsLemonade/training-modules#1015 · 2026年6月10日创建

维护者通常 1 天内回复
RFC: Upgrade Elasticsearch to OpenSearch 3.x
可能重新可做 @davidsmejia 于 121 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
AlexsLemonade/refinebio#3597 · 已指派 1 人 · 2026年6月8日创建
Write slides for spatial workshop
未关闭
- 哪里不对？
Epic

难度 5/5 一周以上新手友好度 38/100

AlexsLemonade/training-modules#1014 · 2026年6月8日创建

维护者通常 1 天内回复
Restore production data flow
未关闭
- 哪里不对？
Epic

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

AlexsLemonade/refinebio#3595 · 2026年6月8日创建
Add Mypy Type Hinting to Serializers and Views
可能重新可做 @avrohomgottlieb 于 121 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
AlexsLemonade/scpca-portal#1994 · 已指派 1 人 · 2026年6月8日创建

维护者通常 4 天内回复
Modernize Infrastructure
未关闭
- 哪里不对？
Epic

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

AlexsLemonade/refinebio#3594 · 2026年6月8日创建
Replace Project Purge with Updates on Ingest
未关闭
- 哪里不对？
Epic

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

AlexsLemonade/scpca-portal#1991 · 2026年6月8日创建

维护者通常 4 天内回复
Automate Data Loading
未关闭
- 哪里不对？
Epic

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

AlexsLemonade/scpca-portal#1990 · 2026年6月8日创建

维护者通常 4 天内回复
Implement scoped, spec-conformant CCDI node
未关闭
- 哪里不对？
Epic

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

AlexsLemonade/scpca-portal#1989 · 2026年6月8日创建

维护者通常 4 天内回复
Use newest models in package
未关闭
- 哪里不对？
Epic

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

AlexsLemonade/mbSSP#37 · 2026年6月5日创建
Account for on_portal column in project_metadata.csv
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

AlexsLemonade/scpca-portal#1976 · 2026年5月28日创建

维护者通常 4 天内回复
Improve documentation for datasets API endpoints
可能重新可做 @davidsmejia 于 133 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
API documentation

AlexsLemonade/scpca-portal#1975 · 已指派 1 人 · 2026年5月28日创建

维护者通常 4 天内回复
Format for Spatial data incorrectly listed as SINGLE_CELL_EXPERIMENT
未关闭
- 哪里不对？
Medium Priority

难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

AlexsLemonade/scpca-portal#1969 · 2026年5月22日创建

维护者通常 4 天内回复
2026 Intro scRNA-seq workshop fixes
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 72/100

AlexsLemonade/training-modules#997 · 3 条评论 · 2026年5月13日创建

维护者通常 1 天内回复
Upgrade Elasticsearch to OpenSearch 3.x
可能重新可做 @davidsmejia 于 149 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
AlexsLemonade/refinebio#3576 · 已指派 1 人 · 2026年5月12日创建
Upgrade to Django 5.2
可能重新可做 @davidsmejia 于 149 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
AlexsLemonade/refinebio#3575 · 已指派 1 人 · 2026年5月12日创建
Consolidate download token forms for CCDL and User datasets
可能重新可做 @nozomione 于 152 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
client / front-end

AlexsLemonade/scpca-portal#1954 · 已指派 1 人 · 2026年5月8日创建

维护者通常 4 天内回复
Potentially update GSEA notebook gmt file handling
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

AlexsLemonade/training-modules#991 · 2026年5月7日创建

维护者通常 1 天内回复
Make compatible with strict syntax
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

AlexsLemonade/scpca-nf#1279 · 1 条评论 · 2026年5月4日创建
Upgrade Terraform AWS provider from ~> 5.25.0 to v6
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 66/100

AlexsLemonade/refinebio#3564 · 2026年5月1日创建
The multiplexed tag on samples is not human readable
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

AlexsLemonade/scpca-portal#1942 · 2026年4月27日创建

维护者通常 4 天内回复
Create empty state when filters return 0 projects
可能重新可做 @dvenprasad 于 163 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
Low Priority

AlexsLemonade/scpca-portal#1940 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年4月27日创建

维护者通常 4 天内回复
Idea: Add diagnosis to sample folder name
未关闭
- 哪里不对？
future thoughts

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

AlexsLemonade/scpca-portal#1939 · 2 条评论 · 2026年4月27日创建

维护者通常 4 天内回复
Bulk add projects
未关闭
- 哪里不对？
future thoughts

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

AlexsLemonade/scpca-portal#1938 · 2026年4月27日创建

维护者通常 4 天内回复
Additional changes to breakpoint 1200
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

AlexsLemonade/scpca-portal#1937 · 2026年4月27日创建

维护者通常 4 天内回复
[BUG] file() called with null arg
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

AlexsLemonade/scpca-nf#1273 · 1 条评论 · 2026年4月22日创建
Expand data maintenance documentation
可能重新可做 @allyhawkins 于 48 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
AlexsLemonade/training-modules#973 · 2 条评论 · 2026年4月17日创建

维护者通常 1 天内回复
Add GPU support for CellAssign
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

AlexsLemonade/scpca-nf#1270 · 2026年4月17日创建
Update external workshop instructions for new server
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 64/100

AlexsLemonade/training-modules#970 · 2026年4月17日创建

维护者通常 1 天内回复
[BUG] _metrics.json is missing alevin-fry version info
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

AlexsLemonade/scpca-nf#1269 · 2026年4月17日创建
Be more permissive with file name checks
未关闭
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难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

AlexsLemonade/scpca-nf#1267 · 1 条评论 · 2026年4月15日创建

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