proposal for friendly spatialdata_io.stereoseq function
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- bioinformatics, data
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách kiểm tra reader spatialdata_io.stereoseq và so sánh các tệp do lệnh count của SAW tạo ra với các tệp mà reader mong đợi, đặc biệt là tệp cell.cluster bị thiếu. Xem xét đầu ra phân tích SAW thay thế và thư mục theo kiểu Visium được đề xuất, cùng với các đầu vào GEF/GEM. Công việc được coi là hoàn tất khi phạm vi tương thích đã được quyết định và có một đường dẫn đọc hoạt động, được ghi chép đầy đủ.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Encountering an issue with missing files when reading BGI's stereo seq data, and there is an inconsistency between the output files from the count command of SAW (a tool under BGI's technology similar to 10x spaceranger) and what is read by spatialdata_io.stereoseq.
Specifically want to know if it is because the SAW output has been updated, making it incompatible with the file reading command of spatialdata_io (there is no cell.cluster file, but it exists in another analysis command of SAW output file).
My proposal is whether there can be a simple reading script (such as one that can just read the 10x Visium output directory and create zarr data) for easy reading(gef gem file).
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 103
- Fork
- 64
- Merge trung bình
- 1 giờ 8 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 3
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của scverse/spatialdata-io
-
documentation
Độ khó 2/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 bình luận ·
-
bug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 bình luận ·
-
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formatsCó thể đã có người làm @adamjtaylor đã nhận 77 ngày trước. Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 reaction ·
-
Visium in matrix market formatĐang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
Tất cả issue của scverse/spatialdata-io
Issue tương tự
-
Harmony OPeNDAP SubSetter (HOSS) Geographic LARC_CLOUD PREFIRE_SAT2_AUX-SAT R01 production
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
nasa/harmony-autotester#245 ·
-
feature
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 66/100
-
L: github:actions L: php:composer
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
dependabot/dependabot-core#16493 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
2.3 EDA: `np.log` example adds +1 to every value, so it can't produce the `-inf` output shownĐang mở
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 92/100
DataTalksClub/machine-learning-zoomcamp#730 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 4 ngày