proposal for friendly spatialdata_io.stereoseq function
还没有人认领这个 Issue。
评估
- 难度
- 5/5
- 预计耗时
- 一周以上
- 新手友好度
- 25/100
- Issue 类型
- 功能
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- python
- 领域
- bioinformatics, data
调研方向
首先检查 spatialdata_io.stereoseq reader，并将 SAW 的 count 命令生成的文件与 reader 期望的文件进行比较，尤其关注缺失的 cell.cluster 文件。检查备用的 SAW 分析输出，以及提议的 Visium 风格目录和 GEF/GEM 输入。完成的要求是确定兼容性范围，并提供一条有文档记录且可正常工作的读取路径。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Encountering an issue with missing files when reading BGI's stereo seq data, and there is an inconsistency between the output files from the count command of SAW (a tool under BGI's technology similar to 10x spaceranger) and what is read by spatialdata_io.stereoseq.
Specifically want to know if it is because the SAW output has been updated, making it incompatible with the file reading command of spatialdata_io (there is no cell.cluster file, but it exists in another analysis command of SAW output file).
My proposal is whether there can be a simple reading script (such as one that can just read the 10x Visium output directory and create zarr data) for easy reading(gef gem file).
- 主要语言
- Python
- 星标
- 103
- 派生
- 64
- 平均合并
- 1 小时 8 分钟
- 30 天内合并 PR
- 3
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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