Get rid of checksamplesheet.py and switch to nf-schema
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
- Loại issue
- Tái cấu trúc
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Xem xét template pipeline hiện tại và thiết lập nf-validation của nó, sau đó so sánh các tính năng nf-schema được yêu cầu với workflow checksamplesheet.py hiện có. Công việc được hoàn tất khi template hỗ trợ nf-schema và pipeline không còn dựa vào checksamplesheet.py để xác thực.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Description of feature
As requested here, the pipeline should switch to nf-schema. As the validation needs to use features of nf-schema and the current template still uses nf-validation, this will be implemented once nf-schema is included in the template.
- Ngôn ngữ chính
- Nextflow
- Star
- 245
- Fork
- 185
- Merge trung bình
- 6 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 1
Chuẩn bị môi trường
Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của nf-core/chipseq
-
MACS3 is reporting that 100 paired reads are needed, even when single end data is used as inputĐang mởbug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
enhancement
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
bug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
-
enhancement improve-behaviour
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100
Tất cả issue của nf-core/chipseq
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 70/100
-
Mouse reference names: mm9 maps to a nonexistent GRCm37, and GRCm38/GRCm39 accessions misparseĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 74/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
FASTA input starting with `;` comment lines fails with "Wrong format" (`#` lines are already skipped)Có thể đã có người làm @adamjohnwright đã nhận 1 ngày trước. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 85/100
eggnogdb/eggnog-mapper#621 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100