Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

openvax/varcode

Đăng nhập để theo dõi Xem trên GitHub

Library for manipulating genomic variants and predicting their effects

openvax/varcode có thân thiện với người mới không?

Maintainer của openvax/varcode thường phản hồi pull request trong vòng 1 ngày. Hiện chưa có issue nào phù hợp với người mới đang mở; danh sách bên dưới là các issue khác chúng tôi có của kho này.

Star
87
Fork
28
Issue cho người mới đang mở
0
Issue đã lập chỉ mục
61
Merge trung bình
2 giờ 14 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
59
Ngôn ngữ chính
Python
Giấy phép
Apache-2.0
Lần push lên GitHub gần nhất
19/9/2026
Lập chỉ mục gần nhất
20/9/2026
Hướng dẫn đóng góp
Quy tắc ứng xử
Label cho người mới
Chưa lập chỉ mục label nào cho người mới

Cách đóng góp cho openvax/varcode

  1. Hãy đọc hướng dẫn đóng góp trước: nó cho biết maintainer muốn thay đổi được đề xuất, kiểm thử và review ra sao.
  2. Hãy đọc quy tắc ứng xử: nó áp dụng cho issue và pull request cũng như trò chuyện.
  3. Đóng góp của bạn sẽ được phát hành theo giấy phép Apache-2.0 của dự án.
  4. Theo dõi kho này để biết khi có issue mới phù hợp với người mới, hoặc xem các issue khác bên dưới.
Phù hợp cho người mới Tất cả
Đang mở Tất cả

Các issue có thể đã có người làm được xếp cuối danh sách. Sắp xếp tất cả theo ngày

  • Use the shared OpenVax Sid union panel (iskandr/osteosarc#56) for osteosarc variants and SVs
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    openvax/varcode#528 · 1 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • RnaReadPhasing counts (ref v1, alt v2) reads as trans, which misfires for germline or nested-subclone pairs
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

    openvax/varcode#527 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Avoid redundant full CI matrices for branch pushes and pull requests
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

    openvax/varcode#514 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Source distribution ships test modules without required fixtures and helpers
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

    openvax/varcode#509 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Compose mixed inherited and somatic haplotypes without reapplying inherited alleles
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

    openvax/varcode#500 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Map Exacto observations and represent reference completion as explicit hypotheses
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    openvax/varcode#499 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Test reference cache probe triggers downloads for every uninstalled Ensembl release
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

    openvax/varcode#493 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Inherit native PyEnsembl reference DNA in the Genome wrapper
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

    openvax/varcode#488 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Remove tests that can't fail: fast-path self-comparison, Protocol isinstance checks, hasattr surveys
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 78/100

    openvax/varcode#479 · 2 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Interpret junctions, frameshifts, and extensions in mapped partial SV observations
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 42/100

    openvax/varcode#466 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Adopt shared checksum-pinned osteosarc test assets for RNA-backed effect comparisons
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

    openvax/varcode#464 · 1 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Effect strings in CSV: SpliceOutcomeSet hides alternatives, REF==ALT records become Silent p.335=, 1-bp deletions use a range
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    openvax/varcode#436 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • UCSC unplaced contigs (chrUn_gl000216) aren't mapped, and one aborts annotation of the whole VCF
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100

    openvax/varcode#435 · 1 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • ReferenceMismatchError shows transcript-strand bases, so the mismatch reads backwards on minus-strand genes
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100

    openvax/varcode#434 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • CLI prints results as a logger repr on stdout; varcode and varcode-genes CSVs use different columns
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

    openvax/varcode#432 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Design: one pipeline for splice, germline-phase, haplotype and SV effects (varcode 8)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    openvax/varcode#423 · 5 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Splice, germline-phase, haplotype and SV uncertainty don't compose
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    openvax/varcode#421 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • deploy.sh doesn't bump, tag, or guard as AGENTS.md says; no tags for 2.0.0–5.0.6
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 64/100

    openvax/varcode#414 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • CHANGELOG: 2.3.1–5.0.6 have no sections; their notes are filed under 6.0.0
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

    openvax/varcode#411 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Structural variant effects() is very slow at some loci and for large typed SVs
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100

    openvax/varcode#407 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • varcode.transforms.combine_cis_snvs — combine in-cis adjacent SNVs into MNVs
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 45/100

    openvax/varcode#368 · 1 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Splice signal downgrade when germline already disrupts the signal
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

    openvax/varcode#363 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • [#271 stage 3 planning] SequenceDiffAnnotator design, naming, and reordered staging
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#304 · 2 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Unified MultiOutcomeEffect / OutcomeSet generalization across splice, readthrough, germline, and RNA evidence
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#299 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Boundary-codon reconstruction for exon skip protein math
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    openvax/varcode#298 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • ML-based splice prediction for variants outside canonical splice windows
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    openvax/varcode#297 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Foundational refactor: MutantTranscript abstraction
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#271 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Personal genome / haplotype-aware effect prediction (umbrella)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#270 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Phasing: cis/trans-aware effect prediction for nearby variants
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#269 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Germline-aware effect prediction (umbrella)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#268 · 2 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Support VCF symbolic alleles and breakends as extended variant types
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#264 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Load structural variant sequences from Exacto
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#261 · 2 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Add loader for Exacto output formats
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 28/100

    openvax/varcode#260 · 2 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Incorporate RNA-level evidence for variant effects
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#259 · 2 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Support externally generated variant annotations
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    openvax/varcode#258 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Add structural variant types (translocations, inversions, duplications, breakpoints)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#257 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Add variant and effect classes for gene fusions
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#252 · 1 reaction ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Make liftover between genomes explicit method
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    openvax/varcode#243 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Allow specification of ensembl release as part of genome on commandline
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100

    openvax/varcode#214 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Provide mutation info with StartLosses
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#206 · 1 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Annotate all transcripts
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    openvax/varcode#195 · 4 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Variant effects should contain mutated_sequence
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100

    openvax/varcode#179 · 2 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Rename `start` to `pos`
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#143 · 4 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Change meaning of ref and alt fields
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

    openvax/varcode#142 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • consider memoizing smarter
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#133 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • support filtering a VariantCollection according to an intervals list file
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    openvax/varcode#59 · 2 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Make `priority` a computed property of effects
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    openvax/varcode#54 ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

  • Switch to interbase coordinates
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    openvax/varcode#40 · 2 bình luận ·

    Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.