Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

bplapply() et al. returns RngFutureError:s rather than signals them

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#5 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
45/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
distributed-systems

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách tái hiện ví dụ với bplapply(), FutureParam() và future.rng.onMisuse được đặt thành "error" hoặc "warning". Theo dõi cách RngFutureError và RngFutureWarning được xử lý, sau đó xác minh rằng các lỗi được báo hiệu, các cảnh báo được phát ra và các thông báo hiện có được mong đợi vẫn được giữ nguyên.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

bug 
library(BiocParallel.FutureParam)
register(FutureParam())
options(future.rng.onMisuse = "error")
y <- bplapply(1:2, rnorm)

> str(y)
List of 2
 $ :List of 2
  ..$ message: chr "UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. T"| __truncated__
  ..$ call   : NULL
  ..- attr(*, "class")= chr [1:6] "RngFutureError" "FutureError" "error" "RngFutureCondition" ...
  ..- attr(*, "future")=Classes 'SequentialFuture', 'UniprocessFuture', 'Future', 'environment' <environment: 0x56148257c1b0> 
 $ :List of 2
  ..$ message: chr "UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. T"| __truncated__
  ..$ call   : NULL
  ..- attr(*, "class")= chr [1:6] "RngFutureError" "FutureError" "error" "RngFutureCondition" ...
  ..- attr(*, "future")=Classes 'SequentialFuture', 'UniprocessFuture', 'Future', 'environment' <environment: 0x56148279f320>

The expected behavior should be:

y <- bplapply(1:2, rnorm)
Error: UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. There is a risk that those random numbers are not statistically sound and the overall results might be invalid. To fix this, specify 'seed=TRUE'. This ensures that proper, parallel-safe random numbers are produced via the L'Ecuyer-CMRG method. To disable this check, use 'seed=NULL', or set option 'future.rng.onMisuse' to "ignore".

Similarly, with RngFutureWarning:s, we would expect:

library(BiocParallel.FutureParam)
register(FutureParam())
options(future.rng.onMisuse = "warning")  # default
y <- bplapply(1:2, rnorm)
Warning: UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. There is a risk that those random numbers are not statistically sound and the overall results might be invalid. To fix this, specify 'seed=TRUE'. This ensures that proper, parallel-safe random numbers are produced via the L'Ecuyer-CMRG method. To disable this check, use 'seed=NULL', or set option 'future.rng.onMisuse' to "ignore".

but right now those warnings are muffled and never signaled.

Ngôn ngữ chính
Makefile
Star
7
Fork
4
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của futureverse/BiocParallel.FutureParam

Tất cả issue của futureverse/BiocParallel.FutureParam

Issue tương tự

Thêm issue về Distributed Systems

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.