bplapply() et al. returns RngFutureError:s rather than signals them
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 45/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- r
- Área
- distributed-systems
Línea de trabajo
Comienza reproduciendo el ejemplo con bplapply(), FutureParam() y future.rng.onMisuse establecido en "error" o "warning". Sigue cómo se gestionan RngFutureError y RngFutureWarning y, a continuación, verifica que los errores se señalen, las advertencias se emitan y se conserven los mensajes esperados existentes.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
library(BiocParallel.FutureParam)
register(FutureParam())
options(future.rng.onMisuse = "error")
y <- bplapply(1:2, rnorm)
> str(y)
List of 2
$ :List of 2
..$ message: chr "UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. T"| __truncated__
..$ call : NULL
..- attr(*, "class")= chr [1:6] "RngFutureError" "FutureError" "error" "RngFutureCondition" ...
..- attr(*, "future")=Classes 'SequentialFuture', 'UniprocessFuture', 'Future', 'environment' <environment: 0x56148257c1b0>
$ :List of 2
..$ message: chr "UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. T"| __truncated__
..$ call : NULL
..- attr(*, "class")= chr [1:6] "RngFutureError" "FutureError" "error" "RngFutureCondition" ...
..- attr(*, "future")=Classes 'SequentialFuture', 'UniprocessFuture', 'Future', 'environment' <environment: 0x56148279f320>
The expected behavior should be:
y <- bplapply(1:2, rnorm)
Error: UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. There is a risk that those random numbers are not statistically sound and the overall results might be invalid. To fix this, specify 'seed=TRUE'. This ensures that proper, parallel-safe random numbers are produced via the L'Ecuyer-CMRG method. To disable this check, use 'seed=NULL', or set option 'future.rng.onMisuse' to "ignore".
Similarly, with RngFutureWarning:s, we would expect:
library(BiocParallel.FutureParam)
register(FutureParam())
options(future.rng.onMisuse = "warning") # default
y <- bplapply(1:2, rnorm)
Warning: UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. There is a risk that those random numbers are not statistically sound and the overall results might be invalid. To fix this, specify 'seed=TRUE'. This ensures that proper, parallel-safe random numbers are produced via the L'Ecuyer-CMRG method. To disable this check, use 'seed=NULL', or set option 'future.rng.onMisuse' to "ignore".
but right now those warnings are muffled and never signaled.
- Lenguaje dominante
- Makefile
- Estrellas
- 7
- Forks
- 4
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de futureverse/BiocParallel.FutureParam
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nested remote Biocparallel Abiertoenhancement
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100
futureverse/BiocParallel.FutureParam#1 · 2 comentarios ·
Todos los issues de futureverse/BiocParallel.FutureParam
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