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bplapply() et al. returns RngFutureError:s rather than signals them

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
45/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r

Línea de trabajo

Comienza reproduciendo el ejemplo con bplapply(), FutureParam() y future.rng.onMisuse establecido en "error" o "warning". Sigue cómo se gestionan RngFutureError y RngFutureWarning y, a continuación, verifica que los errores se señalen, las advertencias se emitan y se conserven los mensajes esperados existentes.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

bug
library(BiocParallel.FutureParam)
register(FutureParam())
options(future.rng.onMisuse = "error")
y <- bplapply(1:2, rnorm)
> str(y)
List of 2
 $ :List of 2
  ..$ message: chr "UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. T"| __truncated__
  ..$ call   : NULL
  ..- attr(*, "class")= chr [1:6] "RngFutureError" "FutureError" "error" "RngFutureCondition" ...
  ..- attr(*, "future")=Classes 'SequentialFuture', 'UniprocessFuture', 'Future', 'environment' <environment: 0x56148257c1b0> 
 $ :List of 2
  ..$ message: chr "UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. T"| __truncated__
  ..$ call   : NULL
  ..- attr(*, "class")= chr [1:6] "RngFutureError" "FutureError" "error" "RngFutureCondition" ...
  ..- attr(*, "future")=Classes 'SequentialFuture', 'UniprocessFuture', 'Future', 'environment' <environment: 0x56148279f320> 

The expected behavior should be:

y <- bplapply(1:2, rnorm)
Error: UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. There is a risk that those random numbers are not statistically sound and the overall results might be invalid. To fix this, specify 'seed=TRUE'. This ensures that proper, parallel-safe random numbers are produced via the L'Ecuyer-CMRG method. To disable this check, use 'seed=NULL', or set option 'future.rng.onMisuse' to "ignore".

Similarly, with RngFutureWarning:s, we would expect:

library(BiocParallel.FutureParam)
register(FutureParam())
options(future.rng.onMisuse = "warning")  # default
y <- bplapply(1:2, rnorm)
Warning: UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. There is a risk that those random numbers are not statistically sound and the overall results might be invalid. To fix this, specify 'seed=TRUE'. This ensures that proper, parallel-safe random numbers are produced via the L'Ecuyer-CMRG method. To disable this check, use 'seed=NULL', or set option 'future.rng.onMisuse' to "ignore".

but right now those warnings are muffled and never signaled.

Lenguaje dominante
Makefile
Estrellas
7
Forks
4
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

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Primeros pasos

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  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
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