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bplapply() et al. returns RngFutureError:s rather than signals them

Aperta
  • Qualcosa non va?
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
distributed-systems

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo l'esempio con bplapply(), FutureParam() e future.rng.onMisuse impostato su "error" o "warning". Traccia il modo in cui vengono gestiti RngFutureError e RngFutureWarning, quindi verifica che gli errori vengano segnalati, gli avvisi emessi e i messaggi attesi esistenti preservati.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

bug 
library(BiocParallel.FutureParam)
register(FutureParam())
options(future.rng.onMisuse = "error")
y <- bplapply(1:2, rnorm)

> str(y)
List of 2
 $ :List of 2
  ..$ message: chr "UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. T"| __truncated__
  ..$ call   : NULL
  ..- attr(*, "class")= chr [1:6] "RngFutureError" "FutureError" "error" "RngFutureCondition" ...
  ..- attr(*, "future")=Classes 'SequentialFuture', 'UniprocessFuture', 'Future', 'environment' <environment: 0x56148257c1b0> 
 $ :List of 2
  ..$ message: chr "UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. T"| __truncated__
  ..$ call   : NULL
  ..- attr(*, "class")= chr [1:6] "RngFutureError" "FutureError" "error" "RngFutureCondition" ...
  ..- attr(*, "future")=Classes 'SequentialFuture', 'UniprocessFuture', 'Future', 'environment' <environment: 0x56148279f320>

The expected behavior should be:

y <- bplapply(1:2, rnorm)
Error: UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. There is a risk that those random numbers are not statistically sound and the overall results might be invalid. To fix this, specify 'seed=TRUE'. This ensures that proper, parallel-safe random numbers are produced via the L'Ecuyer-CMRG method. To disable this check, use 'seed=NULL', or set option 'future.rng.onMisuse' to "ignore".

Similarly, with RngFutureWarning:s, we would expect:

library(BiocParallel.FutureParam)
register(FutureParam())
options(future.rng.onMisuse = "warning")  # default
y <- bplapply(1:2, rnorm)
Warning: UNRELIABLE VALUE: Future ('<none>') unexpectedly generated random numbers without specifying argument 'seed'. There is a risk that those random numbers are not statistically sound and the overall results might be invalid. To fix this, specify 'seed=TRUE'. This ensures that proper, parallel-safe random numbers are produced via the L'Ecuyer-CMRG method. To disable this check, use 'seed=NULL', or set option 'future.rng.onMisuse' to "ignore".

but right now those warnings are muffled and never signaled.

Lingua principale
Makefile
Stelle
7
Fork
4
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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