Error running 000004_demo_analysis.ipynb

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#103 12 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
jupyter-notebook, python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với 000004_demo_analysis.ipynb và tái hiện ô import trong Google Colab hoặc cục bộ. Kiểm tra traceback của pynwb và hdmf/spec/namespace.py, sau đó xác minh rằng notebook import thành công với các dependency tương thích và rằng quá trình phân tích có thể tiếp tục sau ô này.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hi, I was trying to run 000004_demo_analysis.ipynb through Google Colab and received the following error (I get the same error running locally as well, for what that's worth).

On the cell:

import numpy as np
from pathlib import Path
import pandas as pd
import os
import sys
from pynwb import NWBHDF5IO
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
from dandi.download import download as dandi_download
import RutishauserLabtoNWB.events.newolddelay.python.analysis.helper as helper
import RutishauserLabtoNWB.events.newolddelay.python.analysis.single_neuron as single_neuron

I get the following error:

AttributeError Traceback (most recent call last)
in <cell line: 6>()
4 import os
5 import sys
----> 6 from pynwb import NWBHDF5IO
7 import matplotlib.pyplot as plt
8 import seaborn as sns

10 frames
/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/ruamel/yaml/main.py in error_deprecation(fun, method, arg, comment)
1037 raise AttributeError(s)
1038 else:
-> 1039 raise AttributeError(s, name=None)
1040
1041

AttributeError:
"safe_load()" has been removed, use

yaml = YAML(typ='safe', pure=True)
yaml.load(...)

instead of file "/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/hdmf/spec/namespace.py", line 194

        d = yaml.safe_load(stream)

Any suggestions?

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
9
Fork
20
Merge trung bình
3 giờ 37 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của dandi/example-notebooks

Tất cả issue của dandi/example-notebooks

Issue tương tự

Thêm issue về Data Engineering

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.