Weekly notebook sweep — failures (2026-05-18)

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#167 24 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
jupyter-notebook
Lĩnh vực
testing

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách chạy lại sáu notebook bị lỗi được liệt kê trong issue và kiểm tra các lỗi được báo cáo ở giai đoạn execute. So sánh các lỗi liên quan đến việc thiếu tệp NWB với các lỗi liên quan đến hỗ trợ ROS3 của h5py; được xem là hoàn tất khi cả sáu notebook đều thực thi thành công trong đợt kiểm tra hằng tuần.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

weekly-notebook-sweep

Weekly notebook sweep — run 26019683242

Total: 34 · Passed: 28 · Failed: 6

Other failures

  • 001038/DombeckLab/001038_demo.ipynb (stage: execute, 26.2s) — {'attributes': {'description': 'Link to the optical fiber device.', 'namespace': 'hdmf-experimental', 'neurodata_type': 'VectorData', 'object_id': 'f7f800f5-81d0-4223-a0fe-3cafcbe49611'}, 'data': <hdm
  • 001084/HoweLab/001084_demo.ipynb (stage: execute, 23.7s) — 'An optical channel of the microscope.'}, 'emission_lambda': root/general/optophysiology/ImagingPlaneGreen/Green/emission_lambda DatasetBuilder {'attributes': {}, 'data': np.float64(511.0)}}, 'links':
  • 001712/IBL-Widefield/public_demo/anatomical_localization_widefield.ipynb (stage: execute, 19.6s) — ValueError: Expected 1 file, found 0 for pattern sub-FD-28/sub-FD-28_ses-81f90b18-e61c-4d32-bbce-3e0c5f33f06c_desc-raw*.nwb
  • 001712/IBL-Widefield/public_demo/processed_widefield.ipynb (stage: execute, 24.9s) — ValueError: Expected 1 file, found 0 for pattern sub-CSK-im-011/sub-CSK-im-011_ses-d34a502f-bd06-471f-8334-df41f785e1d9_desc-processed*.nwb
  • dandi/DANDI User Guide, Part I.ipynb (stage: execute, 28.7s) — ValueError: h5py was built without ROS3 support, can't use ros3 driver
  • demos/NWBWidget-demo.ipynb (stage: execute, 21.3s) — ValueError: h5py was built without ROS3 support, can't use ros3 driver

Passed

  • 000971/lernerlab/seiler_2024/optogenetics_example_notebook.ipynb (19.6s)
  • 001712/IBL-Widefield/public_demo/raw_widefield.ipynb (27.7s)
  • 001636/TurnerLab/motor_cortex/turner_m1_usage.ipynb (28.9s)
  • 000971/lernerlab/seiler_2024/fiber_photometry_example_notebook.ipynb (29.8s)
  • tutorials/bcm_2024/analysis-demo.ipynb (31.3s)
  • 000947/TurnerLab/public_demo/000947_demo.ipynb (32.7s)
  • 001754/CatalystNeuro/001754_demo.ipynb (33.2s)
  • 001636/TurnerLab/motor_cortex/antidromic_detection_tutorial.ipynb (33.4s)
  • 000559/dattalab/markowitz_gillis_nature_2023/reproduce_figure1d.ipynb (34.2s)
  • 001636/TurnerLab/motor_cortex/turner_m1_peth.ipynb (36.9s)
  • 000458/FlatironInstitute/000_lindi_vs_fsspec_streaming.ipynb (37.1s)
  • dandi/DANDI User Guide, Part II.ipynb (39.1s)
  • 000458/AllenInstitute/reanalysis.ipynb (42.4s)
  • 000727/clandinin/simple_data_access/reading_data.ipynb (46.7s)
  • 001636/TurnerLab/motor_cortex/turner_m1_glm.ipynb (50.2s)
  • tutorials/open_data_quick_start_2026/Get-to-know-a-Dandiset.ipynb (59.1s)
  • 000718/CaiLab/zaki_2024/000718_demo.ipynb (71.8s)
  • 000728/AllenInstitute/visual_coding_ophys_tutorial.ipynb (72.3s)
  • tutorials/cosyne_2023/simple_dandiset_search.ipynb (75.1s)
  • 000409/IBL/bwm_usage_notebook.ipynb (102.6s)
  • 000582/Sargolini2006/000582_Sargolini2006_demo.ipynb (129.8s)
  • tutorials/neurodatarehack_2024/simple_dandiset_search.ipynb (142.7s)
  • 001075/001075_paper_figure_1d.ipynb (149.2s)
  • 000458/FlatironInstitute/001_summarize_contents.ipynb (154.2s)
  • tutorials/neurodatarehack_2024/advanced_asset_search.ipynb (171.2s)
  • 000559/dattalab/markowitz_gillis_nature_2023/reproduce_figure_S1.ipynb (297.5s)
  • 000108/chunglab/demo/dashboard.ipynb (406.4s)
  • 000402/MICrONS/demo/000402_microns_demo.ipynb (1264.2s)
Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
10
Fork
20
Merge trung bình
3 giờ 37 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của dandi/example-notebooks

Tất cả issue của dandi/example-notebooks

Issue tương tự

Thêm issue về Testing & QA

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.