Error running 000004_demo_analysis.ipynb
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
Línea de trabajo
Comienza con 000004_demo_analysis.ipynb y reproduce la celda de importación en Google Colab o localmente. Inspecciona el traceback de pynwb y hdmf/spec/namespace.py, y verifica después que el notebook se importe correctamente con dependencias compatibles y que el análisis pueda continuar más allá de esta celda.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi, I was trying to run 000004_demo_analysis.ipynb through Google Colab and received the following error (I get the same error running locally as well, for what that's worth).
On the cell:
import numpy as np
from pathlib import Path
import pandas as pd
import os
import sys
from pynwb import NWBHDF5IO
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
from dandi.download import download as dandi_download
import RutishauserLabtoNWB.events.newolddelay.python.analysis.helper as helper
import RutishauserLabtoNWB.events.newolddelay.python.analysis.single_neuron as single_neuron
I get the following error:
AttributeError Traceback (most recent call last)
in <cell line: 6>()
4 import os
5 import sys
----> 6 from pynwb import NWBHDF5IO
7 import matplotlib.pyplot as plt
8 import seaborn as sns10 frames
/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/ruamel/yaml/main.py in error_deprecation(fun, method, arg, comment)
1037 raise AttributeError(s)
1038 else:
-> 1039 raise AttributeError(s, name=None)
1040
1041AttributeError:
"safe_load()" has been removed, useyaml = YAML(typ='safe', pure=True)
yaml.load(...)instead of file "/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/hdmf/spec/namespace.py", line 194
d = yaml.safe_load(stream)
Any suggestions?
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Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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