Hacktoberfest 2026: le issue che i maintainer hanno segnato per ottobre, aperte e adatte ai principianti. Sfoglia le issue Hacktoberfest

Error running 000004_demo_analysis.ipynb

Aperta
  • Qualcosa non va?
#103 12 commenti 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
jupyter-notebook, python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia con 000004_demo_analysis.ipynb e riproduci la cella di importazione in Google Colab o localmente. Esamina il traceback di pynwb e hdmf/spec/namespace.py, quindi verifica che il notebook venga importato correttamente con dipendenze compatibili e che l’analisi possa proseguire oltre questa cella.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Hi, I was trying to run 000004_demo_analysis.ipynb through Google Colab and received the following error (I get the same error running locally as well, for what that's worth).

On the cell:

import numpy as np
from pathlib import Path
import pandas as pd
import os
import sys
from pynwb import NWBHDF5IO
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
from dandi.download import download as dandi_download
import RutishauserLabtoNWB.events.newolddelay.python.analysis.helper as helper
import RutishauserLabtoNWB.events.newolddelay.python.analysis.single_neuron as single_neuron

I get the following error:

AttributeError Traceback (most recent call last)
in <cell line: 6>()
4 import os
5 import sys
----> 6 from pynwb import NWBHDF5IO
7 import matplotlib.pyplot as plt
8 import seaborn as sns

10 frames
/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/ruamel/yaml/main.py in error_deprecation(fun, method, arg, comment)
1037 raise AttributeError(s)
1038 else:
-> 1039 raise AttributeError(s, name=None)
1040
1041

AttributeError:
"safe_load()" has been removed, use

yaml = YAML(typ='safe', pure=True)
yaml.load(...)

instead of file "/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/hdmf/spec/namespace.py", line 194

        d = yaml.safe_load(stream)

Any suggestions?

Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
9
Fork
20
Merge medio
1h 56m
PR unite (30g)
2

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Altre issue di dandi/example-notebooks

Tutte le issue di dandi/example-notebooks

Issue simili

Altre issue su Data Engineering

Ricevi le nuove issue nella tua casella

Un breve riepilogo di issue GitHub adatte ai principianti.