Taxonomic levels Genus names at Family rank

Đang mở
#13 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách tái tạo các số lượng ở cấp họ với getCompendium() và rowData(vcpd) bằng đoạn mã R, sau đó so sánh nguồn phân loại với issue dada2-reference-databases được liên kết. Hoàn tất có nghĩa là xác định xem các tên như Anaerococcus và Finegoldia có bị gán không chính xác ở cấp họ hay không, đồng thời ghi lại hoặc sửa phân loại bị ảnh hưởng.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Dear Authors,
Congrats on this huge task and thanks for creating this resource.
When exploring the data at family level, I noticed an issue regarding taxonomy that was highlighted couple of year back in the dada2 silva database. I am not sure if the source database used in this study is from this repository but there seems to be the same issue.
https://github.com/mikemc/dada2-reference-databases/issues/1

# BiocManager::install('seandavi/MicroBioMap')
library(MicroBioMap)
library(mia)
library(dplyr)
cpd <- getCompendium()
saveRDS(cpd, 'MicroBioMapDataTSE.rds')

vcpd <- mia::subsetByPrevalentFeatures(cpd, 
                                       detection=0.0001, 
                                       prevalence=0.01,
                                       as_relative = TRUE)

dplyr::count(as.data.frame(rowData(vcpd)), family)

examples of genus level names at family level are Anaerococcus, Ezakiella, Finegoldia, Parvimonas, Peptoniphilus etc

Best wishes,
Sudarshan

Ngôn ngữ chính
R
Star
17
Fork
3
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của blekhmanlab/MicroBioMap

Tất cả issue của blekhmanlab/MicroBioMap

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.