Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

resonance generation creates charged species

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#53 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
tooling

Hướng nghiên cứu

Start in autotst/species.py around line 143, where generate_resonance_structures() is called during species initialization. Reproduce the failure with the SMILES string OON+[O-], then inspect the referenced RMG molecule.py and resonance.py locations to understand the charged-species error. Done means this input no longer raises the reported ValueError, with regression coverage for the case.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Currently, AutoTST uses RMG's generate_resonance_structures() method to automatically generate resonance structures when an autotst species is initialized. However, occasionally, this resonance generation method raises a ValueError when trying to create a charged species. This is happening to some of the weird HAN nitrogen intermediates. This is the traceback when trying to generate a species from smiles string 'OO[N+](O)[O-]'

Traceback (most recent call last):
  File "molecules.py", line 103, in <module>
    species = Species(smiles=[smiles])
  File "/home/farina.d/AutoTST/autotst/species.py", line 143, in __init__
    species_list.append(molecule.generate_resonance_structures())
  File "rmgpy/molecule/molecule.py", line 2089, in rmgpy.molecule.molecule.Molecule.generate_resonance_structures
  File "rmgpy/molecule/molecule.py", line 2091, in rmgpy.molecule.molecule.Molecule.generate_resonance_structures
  File "rmgpy/molecule/resonance.py", line 150, in rmgpy.molecule.resonance.generate_resonance_structures
  File "rmgpy/molecule/resonance.py", line 185, in rmgpy.molecule.resonance.generate_resonance_structures
ValueError: Got the following structure:
SMILES: OO[N+2](O)[O-]
AdjacencyList:
1 O u0 p2 c0 {3,S} {5,S}
2 O u0 p2 c0 {5,S} {6,S}
3 O u0 p2 c0 {1,S} {7,S}
4 O u0 p3 c-1 {5,S}
5 N u0 p0 c+2 {1,S} {2,S} {4,S}
6 H u0 p0 c0 {2,S}
7 H u0 p0 c0 {3,S}

Net charge: 1

Currently RMG cannot process charged species correctly.
If this structure was entered in SMILES, try using the adjacencyList format for an unambiguous definition.
Ngôn ngữ chính
Python
Star
51
Fork
19
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của ReactionMechanismGenerator/AutoTST

Tất cả issue của ReactionMechanismGenerator/AutoTST

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.