resonance generation creates charged species
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评估
调研方向
Start in autotst/species.py around line 143, where generate_resonance_structures() is called during species initialization. Reproduce the failure with the SMILES string OON+[O-], then inspect the referenced RMG molecule.py and resonance.py locations to understand the charged-species error. Done means this input no longer raises the reported ValueError, with regression coverage for the case.
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Currently, AutoTST uses RMG's generate_resonance_structures() method to automatically generate resonance structures when an autotst species is initialized. However, occasionally, this resonance generation method raises a ValueError when trying to create a charged species. This is happening to some of the weird HAN nitrogen intermediates. This is the traceback when trying to generate a species from smiles string 'OO[N+](O)[O-]'
Traceback (most recent call last):
File "molecules.py", line 103, in <module>
species = Species(smiles=[smiles])
File "/home/farina.d/AutoTST/autotst/species.py", line 143, in __init__
species_list.append(molecule.generate_resonance_structures())
File "rmgpy/molecule/molecule.py", line 2089, in rmgpy.molecule.molecule.Molecule.generate_resonance_structures
File "rmgpy/molecule/molecule.py", line 2091, in rmgpy.molecule.molecule.Molecule.generate_resonance_structures
File "rmgpy/molecule/resonance.py", line 150, in rmgpy.molecule.resonance.generate_resonance_structures
File "rmgpy/molecule/resonance.py", line 185, in rmgpy.molecule.resonance.generate_resonance_structures
ValueError: Got the following structure:
SMILES: OO[N+2](O)[O-]
AdjacencyList:
1 O u0 p2 c0 {3,S} {5,S}
2 O u0 p2 c0 {5,S} {6,S}
3 O u0 p2 c0 {1,S} {7,S}
4 O u0 p3 c-1 {5,S}
5 N u0 p0 c+2 {1,S} {2,S} {4,S}
6 H u0 p0 c0 {2,S}
7 H u0 p0 c0 {3,S}
Net charge: 1
Currently RMG cannot process charged species correctly.
If this structure was entered in SMILES, try using the adjacencyList format for an unambiguous definition.
- 主要语言
- Python
- 星标
- 51
- 派生
- 19
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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