Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

v2: linter doesn't check that placeholder IDs are unique

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#555 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
48/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start from Problem.validate() in the petab.v2 Problem class and the reproducer in the issue, which adds two observables sharing the placeholder a. Add a check that collects placeholder IDs from both placeholder columns across all observables and reports duplicates, plus IDs that collide with model species, observable, parameter, condition or experiment IDs. Done when the reproducer reports an issue and the existing validation tests still pass.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

The PEtab v2 spec requires the IDs in observablePlaceholders and noisePlaceholders to be "valid PEtab identifiers that have not been introduced elsewhere", and all identifiers to be globally unique within the problem. This was discussed in PEtab-dev/PEtab#594 (starting at https://github.com/PEtab-dev/PEtab/issues/594#issuecomment-2850839215) and specified in PEtab-dev/PEtab#625.

Problem.validate() doesn't check this. Tested on main (5fb4066), adding observables and measurements to an otherwise valid problem (Boehm_JProteomeRes2014 from Benchmark-Models-PEtab):

Case Result
Same placeholder a in observablePlaceholders of two observables no issues
a as observable placeholder of one observable and noise placeholder of another no issues
Placeholder ID = model species ID (STAT5A) no issues
Placeholder ID = observable ID no issues
Placeholder ID = parameter table ID (ratio) reported, but only indirectly: "Extraneous parameter(s) in parameter table" / "is not allowed to occur in the parameters table"

Reproducer for the first case:

from petab.v2 import Problem

p = Problem.from_yaml("Boehm_JProteomeRes2014/v2/problem.yaml")
p.add_observable("o1", "a * STAT5A", noise_formula="1", observable_placeholders=["a"])
p.add_observable("o2", "a + STAT5A", noise_formula="1", observable_placeholders=["a"])
p.add_measurement("o1", time=1, measurement=1, observable_parameters=[2])
p.add_measurement("o2", time=1, measurement=1, observable_parameters=[3])
print(p.validate())  # no issues

I'd suggest a validation task that collects all placeholder IDs, from both columns and all observables, and reports:

  • duplicates among placeholders, including the same ID within one observable's observable and noise placeholders;
  • placeholders that coincide with any other ID in the problem: model entities, parameter/observable/condition/experiment IDs, mapping table petabEntityIds, and so on.

The parameter table case could then get a clearer message than "Extraneous parameter(s)".

Drafted with AI assistance. 🤖

Ngôn ngữ chính
Python
Star
18
Fork
9
Merge trung bình
2 ngày 4 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
30

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của PEtab-dev/libpetab-python

Tất cả issue của PEtab-dev/libpetab-python

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.