Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

`sympify_petab` returns `Integer` for Python/numpy integers, but `Float` for numeric strings

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#553 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
2/5
Thời gian dự kiến
1-3 giờ
Mức phù hợp với người mới
50/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start with sympify_petab in the petab.v1.math module and its docstring, which already says integers become floats. Reproduce the four calls in the issue to see the current Integer/Float split. Deciding whether to convert Python and numpy integers to sp.Float is a maintainer call, since existing callers would see a different return type. Done means the agreed behaviour is implemented and the v2 round-trip comparison holds.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

sympify_petab converts numeric strings to sp.Float, but Python and numpy integers to sp.Integer:

import numpy as np
from petab.v1.math import sympify_petab

sympify_petab("2")          # Float: 2.00000000000000
sympify_petab(2.0)          # Float: 2.00000000000000
sympify_petab(2)            # Integer: 2
sympify_petab(np.int64(2))  # Integer: 2

Since sympy 1.13, sp.Integer(2) != sp.Float(2), so the type matters for comparisons. And integer arithmetic stays exact: sympify_petab(1) / sympify_petab(3) gives 1/3, while sympify_petab("1") / sympify_petab("3") gives 0.333333333333333.

In petab.v2, which parses all math fields with sympify_petab, this has the following effects:

  • For the same file content, the type depends on pandas' dtype inference for the whole column. A targetValue of 2 is parsed as Integer if all target values in the condition table are integers, and as Float if any other row contains a non-integer or an expression.
  • Objects created from Python integers, e.g. Change(target_id="k1", target_value=2), do not compare equal to the same objects after writing and reading them back, because the value is written as 2.0 and read back as Float.

PEtab numbers are floating point (the sympify_petab docstring also says "integer values are converted to floats", which currently only holds for strings). Converting integers to sp.Float in sympify_petab would make this consistent. However, this would change the return value for existing callers that pass Python integers.

🤖 Drafted with AI assistance.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
18
Fork
9
Merge trung bình
2 ngày 4 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
30

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của PEtab-dev/libpetab-python

Tất cả issue của PEtab-dev/libpetab-python

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.