Parsing phylogenetic trees (newick format)
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 45/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- rust
調査の方向性
The issue asks for a new phylo.rs module that parses Newick strings into a struct and prints them back; the payload names no existing file to edit. Start by reading the Newick examples in the issue body and decide on the node representation. Done means the listed examples, from the unnamed tree through the rooted-on-a-leaf tree, parse and print back equivalently, with tests for each.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Is your feature request related to a problem? Please describe.
Would like to add parsing of newick format just to print the newick in the first place. Newick is described here:https://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format. It is possible to get multiple newick trees inside a single file, they each finish with a semicolon. Some trees can have many nodes, the structure is a graph-type with nodes, edges and leaves. There is an XML format that some python programs parse newick into, phyloXML
Describe the solution you'd like
Looking to start a module phylo.rs with a parse of newick into some type of good struct or hashmap in the first place, with just ability to print it out.
Describe alternatives you've considered
There are some newick tree parsers in crates.io but they all seem to be a few years old, for example newick_0.11.0
Additional context
Various types of newick tree to parse: The one below marked as "popular" is the one I've seen much the most often, so we could concentrate on that structure and allow the others if possible. There are multiple nodes.
(,,(,)); no nodes are named
(A,B,(C,D)); leaf nodes are named
(A,B,(C,D)E)F; all nodes are named
(:0.1,:0.2,(:0.3,:0.4):0.5); all but root node have a distance to parent
(:0.1,:0.2,(:0.3,:0.4):0.5):0.0; all have a distance to parent
(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4):0.5); distances and leaf names (popular)
(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F; distances and all names
((B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F:0.1)A; a tree rooted on a leaf node (rare)
- 主要言語
- Rust
- スター
- 38
- フォーク
- 15
- 平均マージ
- 21時間 33分
- マージ済み PR（30日）
- 2
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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