Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Taxonomy columns in `dataset/catalog.parquet` are shifted incorrectly causing species to be null

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#39 2 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
68/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start by inspecting dataset/catalog.parquet, including the Cinnamon Clownfish row identified by UUID, and compare the rank columns against scientific_name. Trace the Python data-generation or alignment entry point that produces the catalog. Done means missing taxonomy ranks remain null without shifting downstream values, including for the reported affected rows.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

I was spot checking some fish labels and noticed that some rows in dataset/catalog.parquet have lower ranks shifted one column left, so species ends up null. E.g. the Cinnamon Clownfish (uuid 0eb15b94-0fc6-42cb-a3b2-b310018b7ba4) has

  • kingdom: Animalia
  • phylum: Chordata
  • class: Perciformes (WRONG, this is an order; should be Actinopterygii)
  • order: Pomacentridae (this is a family)
  • family: Amphiprion (this is a genus)
  • genus: melanopus (this is a species)
  • species: null
  • scientific_name: Amphiprion melanopus

As an aside, I believe clownfish have more recently been placed in the order Blenniiformes but I think Perciformes at least historically correct.

I believe at least 32,943 labels for 2,643,887 rows match this pattern for the species I filtered down to for my use, but there may be more.

I think the fix for this should be that a missing rank should remain null instead of shifting downstream ranks.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
20
Fork
0
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Imageomics/TaxonoPy

Tất cả issue của Imageomics/TaxonoPy

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.