Builder: open and save CIF files (unit cell from symmetry operations)
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 28/100
Línea de trabajo
Start with the Builder’s existing periodic-cell import paths and the space-group tables it already uses; the payload names PDB (CRYST1), .gro, and .car as examples. The design brief is ready, but this work is scheduled after the GROMACS run settings and end-to-end clay system. Done means CIF import and P1 export round-trip, with the listed structures verified against Open Babel and Z × formula.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
The Builder cannot open CIF files, which is how crystal structures come from the databases (COD, AMCSD, Materials Project, the IZA zeolite database). PDB (CRYST1), .gro and .car already bring their cell.
Scope:
- Import: cell,
_atom_site_loop, symmetry operations as listed (or, when only a space-group name is given, the space-group tables the Periodic Builder already uses), duplicates at special positions removed by periodic distance, result in the cell at 1×1×1. - Partial occupancy: the majority species on each site, with a warning listing the sites. A warning when hydrogens are absent (common in mineral CIFs).
- Export: P1 CIF of the current periodic structure; export → import round trip.
- Verification against Open Babel (
--fillUC strict) and against Z × formula, for pyrophyllite (Lee & Guggenheim 1981), quartz, graphite, NaCl, LiCoO₂, a zeolite, and a CIF with a space-group name only.
A design brief is ready; to be done after the GROMACS run settings and the end-to-end clay system.
- Lenguaje dominante
- C
- Estrellas
- 10
- Forks
- 8
- Merge medio
- 21 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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