Example: a clay mineral with MINFF built with the Layer Builder (layers, interlayer ions and water, GROMACS)
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 20/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 活発
調査の方向性
Start with the existing Materials Chemistry examples and the Tools > Layer Builder entry in ECCE, then check how GROMACS Prepare handles MINFF typing through atomipy. The work is a worked example: build a clay layer with a substitution, stack it with interlayer ions and water, run Optimize, Equilibrate (NPT) and Dynamics, then analyse d(001), density profiles and the powder 001 reflection. It is done when the topology charges match the intended layer charge and d(001) is compared with a named published value.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
There is no example of MINFF (the min.ff mineral force field ECCE bundles with atomipy) or of building a layered material with the Layer Builder. Wanted, in the Materials Chemistry examples (and as a worked chapter of the manual):
- The layer: a clay layer from a published crystal structure (e.g. pyrophyllite or a montmorillonite model, from COD/AMCSD, source named), with its cell, in the Builder; isomorphic substitution (Al→Mg in the octahedral sheet, or Si→Al in the tetrahedral sheet) to give the layer charge, done in ECCE.
- The stack: Tools > Layer Builder: number of layers, interlayer spacing, shift; interlayer counter-ions (Na⁺) and water filled into the gaps.
- MINFF in GROMACS: GROMACS Prepare with MINFF (atomipy typing, ion parameter set HFE or IOD, minimum ion distance for a thin interlayer, #363), then Optimize, Equilibrate (NPT, so the interlayer spacing relaxes) and Dynamics.
- What it shows: the basal spacing d(001) against water content (one-layer and two-layer hydrates), the ion and water density profiles across the interlayer (MD Analysis > Density profile along c), and the powder pattern's 001 reflection from the equilibrated cell (Diffraction), which is what an XRD measurement of a clay reports.
Checks: the topology charges sum to the intended layer charge; the equilibrated d(001) compared with a published value for the same hydration state (source named). Force-field choices (MINFF version, ion set, water model) stated in the annotation; anything not checked against a published MINFF study is labelled as such. Notes in the short example style.
- 主要言語
- C
- スター
- 10
- フォーク
- 8
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
FriendsofECCE/ECCE のほかの issue
-
bug
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
FriendsofECCE/ECCE#1018 ·
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 70/100
FriendsofECCE/ECCE#336 · コメント 1 件 ·
-
enhancement
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100
FriendsofECCE/ECCE#1021 ·
-
enhancement
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 15/100
FriendsofECCE/ECCE#1019 ·
-
enhancement
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 15/100
FriendsofECCE/ECCE#1016 · コメント 1 件 ·
FriendsofECCE/ECCE の issue をすべて見る
似ている issue
-
Status: Opened
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 64/100
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 62/100
immortalwrt/immortalwrt#2522 ·
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
severity: low
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 64/100
luainkernel/lunatik#2530 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 82/100
conan-io/conan#20500 · コメント 1 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信