Atom numbering: one convention (from 1) in every place ECCE shows an atom number
@ohlincha já está trabalhando nisso.
Desde 26/10/2026.
Avaliação
Esta issue ainda não foi avaliada.
Descrição
9.4.0 test (Andy): the viewer's selection status line said N8 where the Density Profile list says N9; the status line printed TAtm::index(), which counts from 0 (unchanged since PNNL; fixed on main to count from 1). Audit every user-visible atom number for the same mistake: viewer status line and atom labels, Measure (distances/angles/torsions), Geometry Constraints, Z-matrix/geometry tables, Mulliken/ESP charge tables, MO composition and MO Diagram fragments, Density Map/Profile lists, vibration Mode/Composition coordinates ('C2–C3–C4 bend') and the 'Add coordinates (atom numbers)' entry, Builder script hooks that take atom numbers, input decks' comments, exports (.csv). List each place with its convention, fix every 0-based one to count from 1 (Builder.C:3328 pattern: index() + 1), and add a test that one atom of one molecule carries the same number in the status line, labels, a charge table and the Density Profile list.
- Linguagem predominante
- C
- Estrelas
- 10
- Forks
- 8
- Merge médio
- 2h 1min
- PRs com merge (30d)
- 7
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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