MOPAC force runs: normal modes are stored in MOPAC's reoriented frame, the structure in the input frame
Ninguém assumiu esta issue ainda.
Avaliação
- Dificuldade
- 4/5
- Tempo estimado
- 3-5 dias
- Facilidade para iniciantes
- 48/100
Direção de pesquisa
Start with scripts/parsers/mopac.desc and the MOPAC FORCE output section labeled “ORIENTATION OF MOLECULE IN FORCE CALCULATION”; compare the stored geometry and normal modes in the ch4_force, ch4_geovib, and ch4_force_nothermo fixtures. Adjust the vibration-step data so the geometry and modes share a frame, then check Builder arrows for CH4, H2O, and NH3 MOPAC runs against other codes.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
A MOPAC FORCE calculation reorients the molecule ("ORIENTATION OF MOLECULE IN FORCE CALCULATION") and prints its normal modes in that frame, while [GEOMTRACE] in scripts/parsers/mopac.desc stores the input-orientation geometry. The modes ECCE stores therefore belong to a different orientation than the structure they are drawn on.
Found while implementing #367: for CH4 in all three MOPAC fixtures (ch4_force, ch4_geovib, ch4_force_nothermo) the stored modes are not orthogonal to the stored structure's rotations. With the force-orientation geometry the mode symmetries come out right (E, T2, T2, A1, equal to MOPAC's own labels).
Likely effect: the displacement arrows and animation of a MOPAC vibration in the Builder point in the wrong directions (not yet checked by eye). The vibrations table shows MOPAC's own symmetry labels and no Mode description for these runs: #367's analysis detects the mismatch and refuses rather than guess.
Fix: store the geometry the modes belong to, i.e. read MOPAC's force-calculation orientation for the vibration step, or rotate the modes back into the input frame. Then check the Builder's arrows for CH4, H2O and NH3 MOPAC runs against the other codes'.
- Linguagem predominante
- C
- Estrelas
- 10
- Forks
- 8
- Merge médio
- 21min
- PRs com merge (30d)
- 1
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
Mais de FriendsofECCE/ECCE
-
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 70/100
FriendsofECCE/ECCE#336 · 1 comentário ·
-
enhancement
Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100
FriendsofECCE/ECCE#407 ·
-
enhancement
Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100
FriendsofECCE/ECCE#406 ·
-
enhancement
Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100
FriendsofECCE/ECCE#405 ·
-
ORCA Duplicate with Final Orbitals: warn when the copy runs under a different ORCA major versionAbertaenhancement
Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100
FriendsofECCE/ECCE#404 ·
Todas as issues de FriendsofECCE/ECCE
Issues semelhantes
-
Bug Status: Needs Triage
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 78/100
Mantenedores costumam responder em até 1 dia
-
v9.6.0: CMake incorrectly enforces presence of libevdevTalvez já em andamento Um pull request vinculado a esta issue está aberto ou já foi mesclado. Aberta
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 67/100
Mantenedores costumam responder em até 1 dia
-
IoTSDK
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 70/100
Azure/azure-iot-sdk-c#2776 ·
Mantenedores costumam responder em até 2 dias
-
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 64/100
-
[Bug] Unhandled ValueError terminates watchdog thread when GISRC value contains multiple colonsAbertabug
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 76/100
Mantenedores costumam responder em até 1 dia