MOPAC force runs: normal modes are stored in MOPAC's reoriented frame, the structure in the input frame
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
Bewertung
- Schwierigkeit
- 4/5
- Geschätzter Aufwand
- 3-5 Tage
- Anfängerfreundlichkeit
- 48/100
Rechercherichtung
Start with scripts/parsers/mopac.desc and the MOPAC FORCE output section labeled “ORIENTATION OF MOLECULE IN FORCE CALCULATION”; compare the stored geometry and normal modes in the ch4_force, ch4_geovib, and ch4_force_nothermo fixtures. Adjust the vibration-step data so the geometry and modes share a frame, then check Builder arrows for CH4, H2O, and NH3 MOPAC runs against other codes.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
A MOPAC FORCE calculation reorients the molecule ("ORIENTATION OF MOLECULE IN FORCE CALCULATION") and prints its normal modes in that frame, while [GEOMTRACE] in scripts/parsers/mopac.desc stores the input-orientation geometry. The modes ECCE stores therefore belong to a different orientation than the structure they are drawn on.
Found while implementing #367: for CH4 in all three MOPAC fixtures (ch4_force, ch4_geovib, ch4_force_nothermo) the stored modes are not orthogonal to the stored structure's rotations. With the force-orientation geometry the mode symmetries come out right (E, T2, T2, A1, equal to MOPAC's own labels).
Likely effect: the displacement arrows and animation of a MOPAC vibration in the Builder point in the wrong directions (not yet checked by eye). The vibrations table shows MOPAC's own symmetry labels and no Mode description for these runs: #367's analysis detects the mismatch and refuses rather than guess.
Fix: store the geometry the modes belong to, i.e. read MOPAC's force-calculation orientation for the vibration step, or rotate the modes back into the input frame. Then check the Builder's arrows for CH4, H2O and NH3 MOPAC runs against the other codes'.
- Vorherrschende Sprache
- C
- Sterne
- 10
- Forks
- 8
- Ø Merge
- 21 Min.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 1
Entwicklungsumgebung
Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Mehr aus FriendsofECCE/ECCE
-
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 70/100
FriendsofECCE/ECCE#336 · 1 Kommentar ·
-
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100
FriendsofECCE/ECCE#370 · 1 Kommentar ·
-
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100
FriendsofECCE/ECCE#368 ·
-
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
FriendsofECCE/ECCE#367 · 2 Kommentare ·
-
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100
FriendsofECCE/ECCE#366 ·
Alle Issues in FriendsofECCE/ECCE
Ähnliche Issues
-
enhancement
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 78/100
EchoTools/nevr-runtime#698 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
-
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 78/100
FujiNetWIFI/fujinet-firmware#2079 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
-
bug Official Image release/25.12 Supported Device target/kirkwood
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 72/100
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
-
area/archive bug
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 76/100
DarkFlippers/qUnleashed#374 ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
-
bug
Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 84/100
VirusTotal/yara#2255 ·