Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

MOPAC force runs: normal modes are stored in MOPAC's reoriented frame, the structure in the input frame

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#369 2 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
48/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
c
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start with scripts/parsers/mopac.desc and the MOPAC FORCE output section labeled “ORIENTATION OF MOLECULE IN FORCE CALCULATION”; compare the stored geometry and normal modes in the ch4_force, ch4_geovib, and ch4_force_nothermo fixtures. Adjust the vibration-step data so the geometry and modes share a frame, then check Builder arrows for CH4, H2O, and NH3 MOPAC runs against other codes.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

A MOPAC FORCE calculation reorients the molecule ("ORIENTATION OF MOLECULE IN FORCE CALCULATION") and prints its normal modes in that frame, while [GEOMTRACE] in scripts/parsers/mopac.desc stores the input-orientation geometry. The modes ECCE stores therefore belong to a different orientation than the structure they are drawn on.

Found while implementing #367: for CH4 in all three MOPAC fixtures (ch4_force, ch4_geovib, ch4_force_nothermo) the stored modes are not orthogonal to the stored structure's rotations. With the force-orientation geometry the mode symmetries come out right (E, T2, T2, A1, equal to MOPAC's own labels).

Likely effect: the displacement arrows and animation of a MOPAC vibration in the Builder point in the wrong directions (not yet checked by eye). The vibrations table shows MOPAC's own symmetry labels and no Mode description for these runs: #367's analysis detects the mismatch and refuses rather than guess.

Fix: store the geometry the modes belong to, i.e. read MOPAC's force-calculation orientation for the vibration step, or rotate the modes back into the input frame. Then check the Builder's arrows for CH4, H2O and NH3 MOPAC runs against the other codes'.

Ngôn ngữ chính
C
Star
10
Fork
8
Merge trung bình
21 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của FriendsofECCE/ECCE

Tất cả issue của FriendsofECCE/ECCE

Issue tương tự

Thêm issue về C

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.