リポジトリ

tseemann のリポジトリ

131 件の対応リポジトリ

索引済み issue があるリポジトリを表示
tseemann/seekaPerl

Get microbial sequence data easier and faster

最終コミット 2019/11/07

 (28 stars) (4 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/seerC++

sequence element (kmer) enrichment analysis

最終コミット 2017/03/23

 (0 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/seqtkC

Toolkit for processing sequences in FASTA/Q formats

最終コミット 2019/10/06

 (1 star) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/shovillPerl

⚡♠️ Assemble bacterial isolate genomes from Illumina paired-end reads

最終コミット 2025/12/13

 (261 stars) (48 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/simuvar

Simulate variants of bacterial genomes for testing SNP callers

最終コミット 2017/07/17

 (1 star) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/sixessShell

🔬🐛 Rapid 16s rRNA identification from isolate FASTQ files

最終コミット 2018/04/24

 (25 stars) (2 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/skrilla

It ain't all about skrilla

最終コミット 2020/05/22

 (1 star) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/skrofulaPerl

Yet another M.tuberculosis typing and resistance tool, but for the impatient (not in-patient)

最終コミット 2020/03/02

 (5 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/snasmPerl

Assembly based core SNP alignments

最終コミット 2025/10/10

 (8 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/snippaPerl

Experimental modular bacterial SNP calling pipeline

最終コミット 2018/04/01

 (2 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/snippyPerl

:scissors: :zap: Rapid haploid variant calling and core genome alignment

最終コミット 2025/12/12

 (586 stars) (123 forks) (4 件の索引済み issue) (4 件のオープンな good first issue)
tseemann/snp-distsC

Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment

最終コミット 2025/12/31

 (155 stars) (32 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/snp-sitesC

Finds SNP sites from a multi-FASTA alignment file

最終コミット 2020/06/09

 (5 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/spadesC++

SPAdes Genome Assembler http://cab.spbu.ru/spades

最終コミット 2016/05/30

 (1 star) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/spekkiPython

Species prediction from NGS reads

最終コミット 2017/08/29

 (5 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/spuddyPerl

🥔🐶 Species detection buddy

最終コミット 2026/01/29

 (1 star) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/sweet-fxC

FastQ/FastA NGS read file tools

最終コミット 2012/11/04

 (0 stars) (1 fork) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/tabixppC++

C++ wrapper to tabix indexer

最終コミット 2015/03/13

 (1 star) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/tiptoftPython

Predict plasmids from uncorrected long read data

最終コミット 2018/09/27

 (0 stars) (2 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/trenchaPerl

Normalize VCF depth for Illumina GC bias

最終コミット 2020/02/25

 (7 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)