リポジトリ

tseemann のリポジトリ

131 件の対応リポジトリ

索引済み issue があるリポジトリを表示
tseemann/mokka

Annotate your metagenome assemblies

最終コミット 2018/07/19

 (11 stars) (1 fork) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/mrepsC

mreps: software for tandem repeat identification in DNA

最終コミット 2019/10/28

 (0 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/noaryPerl

🍣 🦐 A lightweight nucleotide bacterial ortholog clustering tool

最終コミット 2019/10/02

 (7 stars) (2 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/nullarborPerl

:floppy_disk: :page_with_curl: "Reads to report" for public health and clinical microbiology

最終コミット 2020/08/03

 (144 stars) (39 forks) (6 件の索引済み issue) (6 件のオープンな good first issue)
tseemann/oasesC

De novo transcriptome assembler for short reads

最終コミット 2015/03/14

 (0 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/panitoC

Calculate genome wide average nucleotide identity (gwANI) for a multiFASTA alignment

最終コミット 2017/05/08

 (1 star) (2 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/perl-biotoolPerl

🐫 🐪 Small pure Perl5 libraries for writing command line bioinformatics tools

最終コミット 2019/11/12

 (3 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/phastafPerl

Identify phage regions in bacterial genomes for masking purposes

最終コミット 2019/09/05

 (33 stars) (4 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/piggyPerl

Pan intergenic

最終コミット 2017/05/23

 (1 star) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/polishaPerl

Fix small assembly errors using Illumina reads

最終コミット 2020/08/09

 (4 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/polyfixPerl

🔪⛓️ Repair nanopore assemblies using related genome(s)

最終コミット 2019/08/19

 (5 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/prokkaPerl

:zap: :aquarius: Rapid prokaryotic genome annotation

最終コミット 2026/01/06

 (977 stars) (236 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/psortemPerl

Parallel external merge sort

最終コミット 2026/01/29

 (1 star) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/pykmerPython

A pure python toolkit for k-mer manipulation

最終コミット 2016/11/23

 (0 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/quicktreeC

Fast implementation of the neighbour-joining phylogenetic inference method

最終コミット 2017/04/09

 (3 stars) (1 fork) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/ragnarokka

Annotate and correct erro-prone ONT genomes

最終コミット 2021/06/21

 (4 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/saffrontreePython

SaffronTree: Reference free rapid phylogenetic tree construction from raw read data

最終コミット 2017/03/11

 (0 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/samclipPerl

Filter SAM file for soft and hard clipped alignments

最終コミット 2025/12/31

 (53 stars) (10 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/scapperPerl

Whole genome core alignments from multiple draft genomes

最終コミット 2016/09/14

 (13 stars) (3 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/scriptsPerl

Miscellaneous Perl scripts from 20 years in microbial bioinformatics

最終コミット 2024/07/16

 (18 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)