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tseemann のリポジトリ

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tseemann/abricatePerl

:mag_right: :pill: Mass screening of contigs for antimicrobial and virulence genes

最終コミット 2026/04/03

 (496 stars) (105 forks) (1 件の索引済み issue) (1 件のオープンな good first issue)
tseemann/amplikatePerl

📢🎯 Generic typing tool from amplicons and/or in silico PCR

最終コミット 2019/10/16

 (0 stars) (1 fork) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/angusR

Materials for Analyzing Next-Generation Sequencing (ANGUS) course.

最終コミット 2015/08/20

 (0 stars) (1 fork) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/anthrakks

Distinguish Bacillus cereus and biovar anthracis (anthrax)

最終コミット 2021/09/02

 (3 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/any2fastaPerl

Convert various sequence formats to FASTA

最終コミット 2025/12/30

 (148 stars) (18 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/apcPerl

(a) (p)erfect (c)ircle? ... tests DNA sequences for overlapping ends, then trims and rejoins, and aligns reads to test the join

最終コミット 2015/04/08

 (0 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/arborkart

Phylogenomic trees with maps for the web

最終コミット 2020/03/27

 (1 star) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/artic-ncov2019

ARTIC nanopore protocol for nCoV2019 novel coronavirus

最終コミット 2020/03/24

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tseemann/asmngs18

ASMNGS18 - 2018 Conference Details

最終コミット 2018/09/22

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tseemann/assembillShell

Simple script to clip, assemble, tile and annotate a bacterial genome from Illumina reads

最終コミット 2014/08/19

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tseemann/atlasPython

atlas

最終コミット 2017/03/09

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tseemann/austrakka-public-siteTypeScript

最終コミット 2025/06/13

 (0 stars) (0 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/babykraken

👶🦑 Very small Kraken2 database for bundling with pipelines

最終コミット 2019/08/19

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tseemann/barrnapPerl

:microscope: :leo: Microbial RNA annotation

最終コミット 2026/04/12

 (296 stars) (46 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/berokkaPerl

🍊 💫 Trim, circularise and orient long read bacterial genome assemblies

最終コミット 2019/09/07

 (27 stars) (3 forks) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/bioconda-recipesShell

Conda recipes for the bioconda channel.

最終コミット 2026/05/01

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tseemann/bioinfo-scriptsPerl

Collection of bioinformatics utility scripts, mostly written in Bioperl

最終コミット 2017/08/12

 (3 stars) (1 fork) (0 件の索引済み issue) (0 件のオープンな good first issue)
tseemann/bng-toolsPerl

Useful post-processing scripts for BRATNextGen output data

最終コミット 2014/08/07

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tseemann/bowkaster

cgMLST from FASTQ reads

最終コミット 2018/04/26

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tseemann/bwaC

Burrow-Wheeler Aligner for pairwise alignment between DNA sequences

最終コミット 2016/04/28

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