Add support functions for Mixture IS LOO
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評価
調査の方向性
https://mc-stan.org/loo/articles/loo2-mixis.html の Mix-IS-LOO vignette を読み、issue の log_lik_mix、l_common_mix、log_weights、elpd_mixis の計算を動作のリファレンスとして使用してください。Done では、mixture posterior log_lik から loo オブジェクトを作成できるようにし、該当する場合は Pareto-k 値を計算できるようにする必要があります。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
We have the Mix-IS-LOO vignette https://mc-stan.org/loo/articles/loo2-mixis.html, but it would be useful to add support for creating a loo object from mixture posterior log_lik. Assuming the Stan model code implements the mixture distribution and generates log_lik variable, Mix-IS-LOO elpd_loo estimate is given by
log_lik_mix <- extract(fit_mix)$log_lik
l_common_mix <- rowLogSumExps(-log_lik_mix)
log_weights <- -log_lik_mix - l_common_mix
elpd_mixis <- logSumExp(-l_common_mix) - rowLogSumExps(t(log_weights))
We can also compute Pareto-k's for each pointwise elpd, but there is a difference that the mixture posterior elpd itself is already different from the regular posterior, so the error of Mix-IS-LOO tend to be smaller than regular PSIS-LOO.
- 主要言語
- R
- スター
- 157
- フォーク
- 38
- 平均マージ
- 4日 16時間
- マージ済み PR（30日）
- 2
コントリビューションガイド
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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