Link to the new warnings page from `diagnose` output
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評価
調査の方向性
CmdStan のソースで既存の診断警告文字列を検索し、その出力がどこで組み立てられているかを特定します。この issue で提案されている出力と現在の出力を比較し、詳細なガイダンスが警告ページの URL に置き換えられ、診断結果が変更されていないことを確認します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Summary:
The new warning page (https://mc-stan.org/misc/warnings.html) hopefully provides better context for understanding and diagnosing warnings from diagnose output (divergences, treedepth, ...). So the current short description and hints (e.g. increase adapt_delta or reparametrize) should be replaced with a link to the site.
Description:
Describe the issue as clearly as possible.
Current Output:
9 of 4000 (0.23%) transitions ended with a divergence.
These divergent transitions indicate that HMC is not fully able to explore the posterior distribution.
Try increasing adapt delta closer to 1.
If this doesn't remove all divergences, try to reparameterize the model.
Checking E-BFMI - sampler transitions HMC potential energy.
The E-BFMI, 0.078, is below the nominal threshold of 0.3 which suggests that HMC may have trouble exploring the target distribution.
If possible, try to reparameterize the model.
The following parameters had split R-hat greater than 1.1:
y
Such high values indicate incomplete mixing and biased estimation.
You should consider regularizing your model with additional prior information or a more effective parameterization.
Proposed Output:
9 of 4000 (0.23%) transitions ended with a divergence.
These divergent transitions indicate that HMC is not fully able to explore the posterior distribution.
Checking E-BFMI - sampler transitions HMC potential energy.
The E-BFMI, 0.078, is below the nominal threshold of 0.3 which suggests that HMC may have trouble exploring the target distribution.
The following parameters had split R-hat greater than 1.1:
y
Such high values indicate incomplete mixing and biased estimation.
Visit https://mc-stan.org/misc/warnings.html for a more thorough description of what the warnings mean and hints how to resolve the issues.
Current Version:
v2.29.2
- 主要言語
- C++
- スター
- 240
- フォーク
- 105
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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