Link to the new warnings page from `diagnose` output
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 48/100
Línea de trabajo
Busca en el código fuente de CmdStan las cadenas de advertencia de diagnóstico existentes e identifica dónde se ensambla su salida. Compara la salida actual con la propuesta en este issue y verifica después que las indicaciones detalladas se sustituyan por la URL de la página de advertencias sin cambiar los resultados del diagnóstico.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Summary:
The new warning page (https://mc-stan.org/misc/warnings.html) hopefully provides better context for understanding and diagnosing warnings from diagnose output (divergences, treedepth, ...). So the current short description and hints (e.g. increase adapt_delta or reparametrize) should be replaced with a link to the site.
Description:
Describe the issue as clearly as possible.
Current Output:
9 of 4000 (0.23%) transitions ended with a divergence.
These divergent transitions indicate that HMC is not fully able to explore the posterior distribution.
Try increasing adapt delta closer to 1.
If this doesn't remove all divergences, try to reparameterize the model.
Checking E-BFMI - sampler transitions HMC potential energy.
The E-BFMI, 0.078, is below the nominal threshold of 0.3 which suggests that HMC may have trouble exploring the target distribution.
If possible, try to reparameterize the model.
The following parameters had split R-hat greater than 1.1:
y
Such high values indicate incomplete mixing and biased estimation.
You should consider regularizing your model with additional prior information or a more effective parameterization.
Proposed Output:
9 of 4000 (0.23%) transitions ended with a divergence.
These divergent transitions indicate that HMC is not fully able to explore the posterior distribution.
Checking E-BFMI - sampler transitions HMC potential energy.
The E-BFMI, 0.078, is below the nominal threshold of 0.3 which suggests that HMC may have trouble exploring the target distribution.
The following parameters had split R-hat greater than 1.1:
y
Such high values indicate incomplete mixing and biased estimation.
Visit https://mc-stan.org/misc/warnings.html for a more thorough description of what the warnings mean and hints how to resolve the issues.
Current Version:
v2.29.2
- Lenguaje dominante
- C++
- Estrellas
- 240
- Forks
- 105
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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