Dependency survey (Aug 2026): umbrella for the crate evaluations
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評価
調査の方向性
CONTRIBUTING.md:58 と Cargo.toml の依存関係の理由から始め、次に列挙されているサブイシューと既存の simd_scan.rs リファレンスを確認します。調査で採用または不採用となった crates を、benchmark、決定性、プラットフォーム、STAR-faithfulness の証拠を含めてどのように記録すべきか確認します。関連する評価に記述された結果があり、依存関係の記録が完全であれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Umbrella for the third-party crate survey run in August 2026. Each sub-issue is one dependency
question in the form CONTRIBUTING.md:58 asks for: raised in an issue before any PR, with the
reasoning written down.
Every sub-issue is expected to end in a written outcome, either "adopted, here is the
justification" or "declined, here is why", so that the same crate does not get re-surveyed in six
months. There is currently no place to write that down, which is itself one of the sub-issues.
Already covered elsewhere, deliberately not duplicated here
- #162 —
libsais(vendored C viacc) for suffix-array construction - #95 —
paraseqas an input option - #97 — parallel inputs / parallel FASTQ readers
- #197 —
hyalitefor CR4
Already in the tree, so not re-proposed
The survey turned up several crates that this project already uses, which is a good sign about the
existing dependency choices: memmap2, rustc-hash, libdeflater, tempfile, assert_cmd,
mimalloc (with an explicit rationale in Cargo.toml), flate2 on the zlib-rs backend, bstr,
caps-sa.
Sub-issues
| # | Subject | Blocked by |
|---|---|---|
| #207 | noodles 0.113 → 0.115, noodles-bgzf 0.49 → 0.51, plus the multithreaded BGZF writer question |
— |
| #202 | sufr / libsufr vs the caps-sa incumbent (sibling of #162) |
— |
| #203 | The rust-seq crates: packed-seq, simd-minimizers, seq-hash |
#204 |
| #204 | A benchmark harness (divan or criterion) — enabler for everything below | — |
| #205 | Portable SIMD crate vs the hand-rolled intrinsics in simd_scan.rs |
#204 |
| #206 | --limitBAMsortRAM aborts instead of spilling: external sort |
— |
| #208 | Interval-overlap crates | #204 |
| #209 | DEPENDENCIES.md recording accepted and declined crates |
— |
| #210 | Audit: does DashMap/HashMap iteration order reach any output? | — |
| #218 | Read other compressed input formats (bz2 / zstd / xz): niffler |
— |
Standing constraints for all of them
- Faithfulness to STAR is the product. A crate that changes which alignments are found, or the
order in which anything observable is emitted, is out regardless of its benchmarks. - Determinism across thread counts. Output must not depend on
--runThreadN, on hash seeds,
or on an unspecified iteration order. - Five platforms including Windows. A non-Rust dependency is a supply-chain and maintenance
decision, perCONTRIBUTING.md. - Measure before optimising. Several sub-issues are explicitly blocked on the benchmark
harness, because there is nobenches/directory today.
- 主要言語
- Rust
- スター
- 79
- フォーク
- 7
- 平均マージ
- 5日 3時間
- マージ済み PR（30日）
- 10
環境構築
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
scverse/rustar-aligner のほかの issue
-
BufferedSamRecords::new() reserves 10,000 records per read再び着手できるかも このイシューのプルリクエストはマージされずにクローズされました。 オープン
難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 88/100
scverse/rustar-aligner#280 ·
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 8/100
scverse/rustar-aligner#299 ·
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-
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 5/100
scverse/rustar-aligner#298 ·
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-
TranscriptomeSAM projects ~67% more reads than STAR on human data対応中かも @BenjaminDEMAILLE が 1 日前に担当しました。 オープン
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100
scverse/rustar-aligner#292 ·
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-
Single-end --chimOutType WithinBAM fails with "read length-sequence length mismatch"対応中かも @BenjaminDEMAILLE が 10 日前に担当しました。 オープンbug
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 72/100
scverse/rustar-aligner#279 ·
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