オーナー
broadinstitute
索引済みのリポジトリ 86 件 · GitHub で見る
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gatk
Official code repository for GATK versions 4 and up
Java · スター 2002 個
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cromwell
Scientific workflow engine designed for simplicity & scalability. Trivially transition between one off use cases to massive scale product...
Scala · スター 1082 個
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picard
A set of command line tools (in Java) for manipulating high-throughput sequencing (HTS) data and formats such as SAM/BAM/CRAM and VCF.
Java · スター 1079 個
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CellBender
CellBender is a software package for eliminating technical artifacts from high-throughput single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data.
Python · スター 423 個
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ABC-Enhancer-Gene-Prediction
Cell type specific enhancer-gene predictions using ABC model (Fulco, Nasser et al, Nature Genetics 2019)
Python · スター 271 個
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warp
Warp Analysis Research Pipelines
Jupyter Notebook · スター 231 個
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seqr
web-based analysis tool for rare disease genomics
Python · スター 219 個
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gatk-sv
A structural variation pipeline for short-read sequencing
Python · スター 208 個
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viral-ngs
viral-ngs: command line tools and wrappers for processing raw viral genomic data
Python · スター 197 個
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Python · スター 181 個
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long-read-pipelines
Long read production pipelines
Jupyter Notebook · スター 152 個
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cellpainting-gallery
Cell Painting Gallery
スター 140 個
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Drop-seq
Java tools for analyzing Drop-seq data
Jupyter Notebook · スター 136 個
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gnomad_methods
Hail helper functions for the gnomAD project and Translational Genomics Group
Python · スター 102 個
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gnomad-browser
Explore gnomAD datasets on the web
TypeScript · スター 91 個
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viral-pipelines
viral-ngs: complete pipelines
WDL · スター 76 個
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Jupyter Notebook · スター 70 個
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pyqtl
Collection of analysis tools for quantitative trait loci
Python · スター 66 個
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celldega
Spatial and multiomic visualization and analysis library
Jupyter Notebook · スター 60 個
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delphy
Fast, scalable, accurate and accessible Bayesian phylogenetics
C++ · スター 56 個
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誰かが対応中かもしれないイシューは最後に並べています。 すべて日付順に表示
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 76/100
broadinstitute/picard#2060 · コメント 1 件 ·
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難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 78/100
broadinstitute/protigy-v2#106 ·
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難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 52/100
broadinstitute/pysceptre#2 · コメント 1 件 ·
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feature request
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100
broadinstitute/seqr#5597 ·
メンテナーはふだん 6 日以内に返信
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難易度 1/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 90/100
broadinstitute/gatk-sv#965 · コメント 1 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100
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難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 38/100
broadinstitute/cromwell#7904 ·
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100
broadinstitute/EmmaEmb#21 ·
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難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 55/100
broadinstitute/exome-results-browsers#242 ·
メンテナーはふだん 3 日以内に返信
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難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100
broadinstitute/exome-results-browsers#230 ·
メンテナーはふだん 3 日以内に返信
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難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100
broadinstitute/exome-results-browsers#229 ·
メンテナーはふだん 3 日以内に返信
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100
broadinstitute/ABC-Enhancer-Gene-Prediction#281 · コメント 1 件 ·
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100
broadinstitute/exome-results-browsers#223 · コメント 2 件 ·
メンテナーはふだん 3 日以内に返信
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難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 55/100
broadinstitute/exome-results-browsers#222 ·
メンテナーはふだん 3 日以内に返信
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Epic
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100
broadinstitute/exome-results-browsers#217 · コメント 1 件 ·
メンテナーはふだん 3 日以内に返信
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good first issue
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100
broadinstitute/gnomad-browser#1955 · コメント 1 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 86/100
broadinstitute/CellBender#478 · コメント 1 件 ·
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 30/100
broadinstitute/seqr#5570 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 ·
メンテナーはふだん 6 日以内に返信
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難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 55/100
broadinstitute/warp#1952 · コメント 2 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 58/100
broadinstitute/gnomad-browser#1943 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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Standalone modeオープン
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100
broadinstitute/genomeshader#59 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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enhancement
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
broadinstitute/cellpainting-gallery#183 · コメント 1 件 ·
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bug
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 55/100
broadinstitute/celldega#333 · コメント 2 件 ·
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Triage: Dev Triage: PM
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100
broadinstitute/gnomad-browser#1938 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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Triage: PM
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 64/100
broadinstitute/gnomad-browser#1937 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100
broadinstitute/genomeshader#58 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100
broadinstitute/BE3D#24 · コメント 1 件 ·
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Funcotator mis-classifies stop-retained indels as FRAME_SHIFT_* (should be SILENT / stop-retained)オープン
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100
broadinstitute/gatk#9417 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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better handle nodes from OBCI.nodes.csv再び着手できるかも @vdancik が 38 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープンenhancement
broadinstitute/dig-knowledge-graph#3 · 担当者 1 名 ·
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better handle nodes from NCIT.nodes.csv再び着手できるかも @vdancik が 38 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープンenhancement
broadinstitute/dig-knowledge-graph#2 · 担当者 1 名 ·
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Add miseオープン
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100
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難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 50/100
broadinstitute/celldega#332 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 ·
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 58/100
broadinstitute/gatk-sv#956 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 72/100
broadinstitute/CellBender#474 ·
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 10/100
broadinstitute/warp#1927 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 30/100
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enhancement
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 52/100
broadinstitute/viral-references#38 · コメント 3 件 ·
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enhancement
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 65/100
broadinstitute/dapper#8 · コメント 1 件 ·
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難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 84/100
broadinstitute/CellBender#462 · コメント 1 件 ·
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Move other domains to redirects再び着手できるかも @coreone が 47 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープンexempt-from-stale
broadinstitute/terraform-broad-redirect#80 · 担当者 1 名 ·
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Add support for DRAGEN SV and CNV calls再び着手できるかも @hanars が 47 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープンfeature request
broadinstitute/seqr#5542 · 担当者 1 名 ·
メンテナーはふだん 6 日以内に返信
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100
broadinstitute/gatk#9409 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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pipeline
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100
broadinstitute/seqr#5536 · コメント 1 件 ·
メンテナーはふだん 6 日以内に返信
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難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100
broadinstitute/2024_09_09_Axiom_OASIS#44 · コメント 1 件 ·
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100
broadinstitute/permutect#296 ·
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 70/100
broadinstitute/picard#2057 ·
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 86/100
broadinstitute/CellBender#460 ·
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100
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