Add an example SLURM config and remove the hardcoded cluster profiles
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 68/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- 明確に書かれている
- 活発さ
- 活発
- 領域
- devops
調査の方向性
Start with nextflow.config and docs/usage.md to see how the existing profiles are defined and documented. Add a documented example SLURM config with the requested placeholders, update or remove the cluster specific profiles, and explain the multi-thread mode, light sbatch driver job, and nf-core/configs guidance. Done when the example is referenced in the usage docs and the documented setup matches the tested -c slurm.config workflow.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Part of #5.
The slurm, local and modules profiles in nextflow.config are hardcoded to one cluster (partitions bio,c-3t,cpubase, module load apptainer/1.3.5, mugqic/* modules), so -profile slurm fails elsewhere.
- Add a documented example config (placeholders for partition, account, container-engine module,
resourceLimits,queueSize) and reference it fromdocs/usage.md. - Remove or rewrite the three cluster-specific profiles.
- Document how to combine it with
execution_mode: multi_thread, and how to run the Nextflow driver as a lightsbatchjob. - For institutions: point to nf-core/configs.
Tested on a real SLURM cluster with -c slurm.config and execution_mode: multi_thread.
- 主要言語
- Nextflow
- スター
- 0
- フォーク
- 1
- 平均マージ
- 10時間 36分
- マージ済み PR（30日）
- 4
環境構築
このプロジェクトの開発コンテナを、あなたの GitHub アカウントでブラウザ上に起動します。
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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