nf-core/atacseq

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• Add nf-test coverage for `--shift_reads` and make `conf/modules.config` changes trigger CI tests

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 72/100

  nf-core/atacseq#462 · 2026年9月25日 に作成

• Fragment length filtering not applied when shifting merged_replicate BAMs (--shift_reads)

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 84/100

  nf-core/atacseq#460 · 2026年9月25日 に作成

• FRiP score overcounts reads that overlap more than one peak (intersectBed -c summed)

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 88/100

  nf-core/atacseq#458 · 2026年9月25日 に作成

• Optional UMI-aware preprocessing for UMI-ATAC-seq (`--with_umi`)

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 45/100

  nf-core/atacseq#456 · コメント 1 件 · 2026年9月11日 に作成

• Update nf-core modules to latest, and fix subsequent breaking subworkflow input signatures

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  nf-core/atacseq#447 · 2026年6月23日 に作成

• The Usage section said use tab-delimited file but the samplesheet is actually comma-delimited

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  難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 78/100

  nf-core/atacseq#444 · 2026年5月31日 に作成

• Error running with "Error nextflow.config:298:14: Unexpected input"

  オープン

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100

  nf-core/atacseq#442 · コメント 3 件 · 2026年5月19日 に作成

• BWA_MEM silently receives 0 tasks when BWA index is built from FASTA (no pre-built index provided)

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 38/100

  nf-core/atacseq#438 · 2026年3月25日 に作成

• Docker: deprecate docker.userEmulation and use docker.runOptions; mitigates Trim Galore pipe freeze

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 55/100

  nf-core/atacseq#435 · 2026年2月27日 に作成

• Generate complete snapshots for all tests

  再び着手できるかも @JoseEspinosa が 339 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  nf-core/atacseq#427 · 担当者 1 名 · 2025年10月24日 に作成

• limiting to NFR in the dev version

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

  nf-core/atacseq#424 · 2025年7月29日 に作成

• Error executing process

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  nf-core/atacseq#421 · 2025年5月21日 に作成

• several peaks correspond to the same gene

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 15/100

  nf-core/atacseq#418 · 2025年4月7日 に作成

• JSON schema: Atacseq

  再び着手できるかも @kshirlekar が 553 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  nf-core/atacseq#416 · 担当者 1 名 · 2025年3月24日 に作成

• Picard modules fail when all memory used

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#415 · 2025年3月13日 に作成

• CSI Implementation for Larger Genomes

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#414 · コメント 1 件 · 2025年3月6日 に作成

• Number of cores calculation for Trimgalore

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#413 · コメント 1 件 · 2025年2月25日 に作成

• ataqv

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  nf-core/atacseq#411 · コメント 2 件 · 2025年2月10日 に作成

• Merged Replicates-Feature counts does not use the merged bams

  オープン

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 38/100

  nf-core/atacseq#410 · 2025年2月1日 に作成

• Support for Read Lengths Not in {50, 100, 150, 200}

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#408 · 2025年1月24日 に作成

• FastQC uses only 10 cores in a 32 core server

  オープン

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

  nf-core/atacseq#404 · コメント 2 件 · 2025年1月15日 に作成

• Please change default MACS2 peak calling to narrow peak

  オープン

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#403 · コメント 2 件 · 2025年1月12日 に作成

• Issue when rerunning the pipeline for MACS2 narrow peak

  オープン

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  nf-core/atacseq#402 · コメント 3 件 · 2025年1月12日 に作成

• Pipeline fails quietly when input fastqs are not found

  オープン

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#401 · 2025年1月11日 に作成

• Allow discontinuing replicate numbers

  オープン

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#397 · リアクション 2 件 · 2024年12月19日 に作成

• Compress deeptools `.tab` files and `.fa` genomes as they occupy a lot of space

  オープン

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 42/100

  nf-core/atacseq#395 · 2024年11月28日 に作成

• Improve TRIMGALORE by adding pigz to Singularity container

  オープン

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 38/100

  nf-core/atacseq#394 · コメント 1 件 · 2024年11月27日 に作成

• ERROR ~ Error executing process > 'PGSCATALOG_PGSCCALC:PGSCCALC:DOWNLOAD_SCOREFILES terminated with an error exit status (8)

  オープン

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 20/100

  nf-core/atacseq#391 · コメント 1 件 · 2024年11月19日 に作成

• Latest version still generated MACS2, not MACS3

  オープン

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  nf-core/atacseq#389 · コメント 1 件 · 2024年11月2日 に作成

• Scale bar inconsistency across samples

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 20/100

  nf-core/atacseq#388 · 2024年10月31日 に作成

• Set chromap to not shift reads by default

  再び着手できるかも @JoseEspinosa が 731 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  nf-core/atacseq#381 · 担当者 1 名 · 2024年9月27日 に作成

• ATAC-seq Spike-in control

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#380 · コメント 1 件 · リアクション 4 件 · 2024年9月23日 に作成

• [404] Page not found: https://nf-co.re/atacseq/2.1.2/docs/output/

  オープン

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  難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 45/100

  nf-core/atacseq#417 · 2024年8月19日 に作成

• Picard "--TMP_DIR" arguments are hardcoded

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 45/100

  nf-core/atacseq#378 · コメント 1 件 · 2024年8月16日 に作成

• ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_ATACSEQ:ATACSEQ:FASTQ_FASTQC_UMITOOLS_TRIMGALORE:TRIMGALORE

  オープン

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 20/100

  nf-core/atacseq#377 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2024年8月10日 に作成

• New release please?

  オープン

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  nf-core/atacseq#373 · コメント 2 件 · 2024年7月4日 に作成

• Feature Request: call peaks for each replicate (diffbind), not only the merged data

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#367 · コメント 5 件 · 2024年6月28日 に作成

• suggestion: use samtools view --uncompressed before piping in bamtools_filter

  オープン

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  難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#346 · 2024年1月26日 に作成

• Feature Request: summary table for each sample

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#345 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2024年1月26日 に作成

• bam_csi_index parameter for ATACSeq

  オープン

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

  nf-core/atacseq#343 · 2023年12月20日 に作成

• implement the bam_csi_index parameter in atacseq pipeline

  オープン

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  nf-core/atacseq#340 · 2023年10月27日 に作成

• MAKE_GENE_BED making 0kb .bed files

  オープン

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  nf-core/atacseq#334 · 2023年9月6日 に作成

• Biotype analysis using featureCounts

  オープン

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  nf-core/atacseq#188 · 2022年8月11日 に作成

• Peak calling parameters might not be ideal

  オープン

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  nf-core/atacseq#169 · コメント 3 件 · 2022年2月17日 に作成

• Genome annotation (gene names) missing in IGV session file

  オープン

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  nf-core/atacseq#168 · コメント 1 件 · 2022年2月17日 に作成

• Does nf-core/atacseq apply an offset to each ATAC-seq fragment?

  オープン

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 25/100

  nf-core/atacseq#164 · コメント 3 件 · リアクション 2 件 · 2021年9月22日 に作成

• Addition of peak-calling with Genrich

  再び着手できるかも @samuelruizperez が 1140 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  nf-core/atacseq#108 · リアクション 2 件 · 担当者 2 名 · 2020年6月13日 に作成

• Adding the feature of shifting and splitting the reads

  オープン

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 28/100

  nf-core/atacseq#91 · コメント 4 件 · リアクション 2 件 · 2020年3月4日 に作成

• Implement Hidden-Markow-Models implemented in ChromstaR for genome-wide characterization of open chromatin landscape

  オープン

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  nf-core/atacseq#89 · 2020年2月28日 に作成

• Create md5 sums for data upload to public repositories

  オープン

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  nf-core/atacseq#32 · 2019年4月13日 に作成