Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

nf-core/atacseq

Đăng nhập để theo dõi Xem trên GitHub

ATAC-seq peak-calling and QC analysis pipeline

nf-core/atacseq có thân thiện với người mới không?

Gần đây có quá ít pull request của người đóng góp bên ngoài gửi tới nf-core/atacseq để nói chúng được merge thường xuyên đến đâu. Hiện có 6 issue phù hợp với người mới đang mở.

Star
231
Fork
144
Issue cho người mới đang mở
6
Issue đã lập chỉ mục
58
Merge trung bình
9 ngày 15 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
2
Ngôn ngữ chính
Nextflow
Giấy phép
MIT
Lần push lên GitHub gần nhất
7/10/2026
Lập chỉ mục gần nhất
19/9/2026
Hướng dẫn đóng góp
Quy tắc ứng xử
Label cho người mới
Chưa lập chỉ mục label nào cho người mới

Cách đóng góp cho nf-core/atacseq

  1. Hãy đọc hướng dẫn đóng góp trước: nó cho biết maintainer muốn thay đổi được đề xuất, kiểm thử và review ra sao.
  2. Dự án có sẵn dev container: mở trong Codespaces để có ngay môi trường chạy được trong trình duyệt.
  3. Hãy đọc quy tắc ứng xử: nó áp dụng cho issue và pull request cũng như trò chuyện.
  4. Chọn một trong 6 issue phù hợp với người mới đang mở bên dưới và bình luận rằng bạn muốn làm nó trước khi bắt đầu.
Phù hợp cho người mới Tất cả
Đang mở Tất cả

Các issue có thể đã có người làm được xếp cuối danh sách. Sắp xếp tất cả theo ngày

  • Restore the Workflow block in the software versions YAML
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100

    nf-core/atacseq#470 ·

  • CI controls test runs without the test_controls profile
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 85/100

    nf-core/atacseq#467 ·

  • Blacklist filtering improvement
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

    nf-core/atacseq#465 ·

  • Unspecified Behavior for Mixed single-end and paired-end samples in one samplesheet
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 28/100

    nf-core/atacseq#464 · 1 bình luận ·

  • MutliQC pinned in two places, with different versions.
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100

    nf-core/atacseq#463 ·

  • Add nf-test coverage for `--shift_reads` and make `conf/modules.config` changes trigger CI tests
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 72/100

    nf-core/atacseq#462 ·

  • Optional UMI-aware preprocessing for UMI-ATAC-seq (`--with_umi`)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 45/100

    nf-core/atacseq#456 · 1 bình luận ·

  • Update nf-core modules to latest, and fix subsequent breaking subworkflow input signatures
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

    nf-core/atacseq#447 ·

  • The Usage section said use tab-delimited file but the samplesheet is actually comma-delimited
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 78/100

    nf-core/atacseq#444 ·

  • Error running with "Error nextflow.config:298:14: Unexpected input"
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

    nf-core/atacseq#442 · 3 bình luận ·

  • BWA_MEM silently receives 0 tasks when BWA index is built from FASTA (no pre-built index provided)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100

    nf-core/atacseq#438 ·

  • Docker: deprecate docker.userEmulation and use docker.runOptions; mitigates Trim Galore pipe freeze
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 55/100

    nf-core/atacseq#435 ·

  • Generate complete snapshots for all tests
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    nf-core/atacseq#427 · 1 người được giao ·

  • limiting to NFR in the dev version
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100

    nf-core/atacseq#424 ·

  • Error executing process
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/atacseq#421 ·

  • several peaks correspond to the same gene
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 15/100

    nf-core/atacseq#418 ·

  • JSON schema: Atacseq
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?

    nf-core/atacseq#416 · 1 người được giao ·

  • Picard modules fail when all memory used
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#415 ·

  • CSI Implementation for Larger Genomes
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#414 · 1 bình luận ·

  • Number of cores calculation for Trimgalore
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    wontfix

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#413 · 1 bình luận ·

  • ataqv
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    question

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/atacseq#411 · 2 bình luận ·

  • Merged Replicates-Feature counts does not use the merged bams
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100

    nf-core/atacseq#410 ·

  • Support for Read Lengths Not in {50, 100, 150, 200}
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#408 ·

  • FastQC uses only 10 cores in a 32 core server
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100

    nf-core/atacseq#404 · 2 bình luận ·

  • Please change default MACS2 peak calling to narrow peak
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#403 · 2 bình luận ·

  • Issue when rerunning the pipeline for MACS2 narrow peak
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/atacseq#402 · 3 bình luận ·

  • Pipeline fails quietly when input fastqs are not found
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#401 ·

  • Allow discontinuing replicate numbers
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#397 · 2 reaction ·

  • Compress deeptools `.tab` files and `.fa` genomes as they occupy a lot of space
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100

    nf-core/atacseq#395 ·

  • ERROR ~ Error executing process > 'PGSCATALOG_PGSCCALC:PGSCCALC:DOWNLOAD_SCOREFILES terminated with an error exit status (8)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100

    nf-core/atacseq#391 · 1 bình luận ·

  • Latest version still generated MACS2, not MACS3
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/atacseq#389 · 1 bình luận ·

  • Scale bar inconsistency across samples
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100

    nf-core/atacseq#388 ·

  • Set chromap to not shift reads by default
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    nf-core/atacseq#381 · 1 người được giao ·

  • ATAC-seq Spike-in control
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#380 · 1 bình luận · 4 reaction ·

  • [404] Page not found: https://nf-co.re/atacseq/2.1.2/docs/output/
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 45/100

    nf-core/atacseq#417 ·

  • Picard "--TMP_DIR" arguments are hardcoded
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    invalid

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 45/100

    nf-core/atacseq#378 · 1 bình luận ·

  • ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_ATACSEQ:ATACSEQ:FASTQ_FASTQC_UMITOOLS_TRIMGALORE:TRIMGALORE
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100

    nf-core/atacseq#377 · 1 bình luận · 1 reaction ·

  • New release please?
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/atacseq#373 · 2 bình luận ·

  • Feature Request: call peaks for each replicate (diffbind), not only the merged data
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#367 · 5 bình luận ·

  • suggestion: use samtools view --uncompressed before piping in bamtools_filter
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#346 ·

  • Feature Request: summary table for each sample
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#345 · 1 bình luận · 1 reaction ·

  • bam_csi_index parameter for ATACSeq
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

    nf-core/atacseq#343 ·

  • implement the bam_csi_index parameter in atacseq pipeline
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100

    nf-core/atacseq#340 ·

  • MAKE_GENE_BED making 0kb .bed files
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#334 ·

  • Biotype analysis using featureCounts
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/atacseq#188 ·

  • Peak calling parameters might not be ideal
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100

    nf-core/atacseq#169 · 3 bình luận ·

  • Genome annotation (gene names) missing in IGV session file
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#168 · 1 bình luận ·

  • Does nf-core/atacseq apply an offset to each ATAC-seq fragment?
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    question

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/atacseq#164 · 3 bình luận · 2 reaction ·

  • Implement Hidden-Markow-Models implemented in ChromstaR for genome-wide characterization of open chromatin landscape
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/atacseq#89 ·

  • Create md5 sums for data upload to public repositories
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/atacseq#32 ·

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.