nf-core/atacseq

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• MutliQC pinned in two places, with different versions.

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100

  nf-core/atacseq#463 · Aperta il 28/9/2026

• Add nf-test coverage for `--shift_reads` and make `conf/modules.config` changes trigger CI tests

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

  nf-core/atacseq#462 · Aperta il 25/9/2026

• Fragment length filtering not applied when shifting merged_replicate BAMs (--shift_reads)

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100

  nf-core/atacseq#460 · Aperta il 25/9/2026

• FRiP score overcounts reads that overlap more than one peak (intersectBed -c summed)

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 88/100

  nf-core/atacseq#458 · Aperta il 25/9/2026

• Optional UMI-aware preprocessing for UMI-ATAC-seq (`--with_umi`)

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 45/100

  nf-core/atacseq#456 · 1 commento · Aperta il 11/9/2026

• Update nf-core modules to latest, and fix subsequent breaking subworkflow input signatures

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

  nf-core/atacseq#447 · Aperta il 23/6/2026

• The Usage section said use tab-delimited file but the samplesheet is actually comma-delimited

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  Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 78/100

  nf-core/atacseq#444 · Aperta il 31/5/2026

• Error running with "Error nextflow.config:298:14: Unexpected input"

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  nf-core/atacseq#442 · 3 commenti · Aperta il 19/5/2026

• BWA_MEM silently receives 0 tasks when BWA index is built from FASTA (no pre-built index provided)

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  nf-core/atacseq#438 · Aperta il 25/3/2026

• Docker: deprecate docker.userEmulation and use docker.runOptions; mitigates Trim Galore pipe freeze

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

  nf-core/atacseq#435 · Aperta il 27/2/2026

• Generate complete snapshots for all tests

  Forse di nuovo libera @JoseEspinosa l’ha presa 339 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  nf-core/atacseq#427 · 1 assegnatario · Aperta il 24/10/2025

• limiting to NFR in the dev version

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  nf-core/atacseq#424 · Aperta il 29/7/2025

• Error executing process

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/atacseq#421 · Aperta il 21/5/2025

• several peaks correspond to the same gene

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

  nf-core/atacseq#418 · Aperta il 7/4/2025

• JSON schema: Atacseq

  Forse di nuovo libera @kshirlekar l’ha presa 553 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  nf-core/atacseq#416 · 1 assegnatario · Aperta il 24/3/2025

• Picard modules fail when all memory used

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  nf-core/atacseq#415 · Aperta il 13/3/2025

• CSI Implementation for Larger Genomes

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  nf-core/atacseq#414 · 1 commento · Aperta il 6/3/2025

• Number of cores calculation for Trimgalore

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  nf-core/atacseq#413 · 1 commento · Aperta il 25/2/2025

• ataqv

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/atacseq#411 · 2 commenti · Aperta il 10/2/2025

• Merged Replicates-Feature counts does not use the merged bams

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  nf-core/atacseq#410 · Aperta il 1/2/2025

• Support for Read Lengths Not in {50, 100, 150, 200}

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  nf-core/atacseq#408 · Aperta il 24/1/2025

• FastQC uses only 10 cores in a 32 core server

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  nf-core/atacseq#404 · 2 commenti · Aperta il 15/1/2025

• Please change default MACS2 peak calling to narrow peak

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  nf-core/atacseq#403 · 2 commenti · Aperta il 12/1/2025

• Issue when rerunning the pipeline for MACS2 narrow peak

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  nf-core/atacseq#402 · 3 commenti · Aperta il 12/1/2025

• Pipeline fails quietly when input fastqs are not found

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  nf-core/atacseq#401 · Aperta il 11/1/2025

• Allow discontinuing replicate numbers

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  nf-core/atacseq#397 · 2 reazioni · Aperta il 19/12/2024

• Compress deeptools `.tab` files and `.fa` genomes as they occupy a lot of space

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  nf-core/atacseq#395 · Aperta il 28/11/2024

• Improve TRIMGALORE by adding pigz to Singularity container

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  nf-core/atacseq#394 · 1 commento · Aperta il 27/11/2024

• ERROR ~ Error executing process > 'PGSCATALOG_PGSCCALC:PGSCCALC:DOWNLOAD_SCOREFILES terminated with an error exit status (8)

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  nf-core/atacseq#391 · 1 commento · Aperta il 19/11/2024

• Latest version still generated MACS2, not MACS3

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  nf-core/atacseq#389 · 1 commento · Aperta il 2/11/2024

• Scale bar inconsistency across samples

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  nf-core/atacseq#388 · Aperta il 31/10/2024

• Set chromap to not shift reads by default

  Forse di nuovo libera @JoseEspinosa l’ha presa 731 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  nf-core/atacseq#381 · 1 assegnatario · Aperta il 27/9/2024

• ATAC-seq Spike-in control

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  nf-core/atacseq#380 · 1 commento · 4 reazioni · Aperta il 23/9/2024

• [404] Page not found: https://nf-co.re/atacseq/2.1.2/docs/output/

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  Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 45/100

  nf-core/atacseq#417 · Aperta il 19/8/2024

• Picard "--TMP_DIR" arguments are hardcoded

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  nf-core/atacseq#378 · 1 commento · Aperta il 16/8/2024

• ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_ATACSEQ:ATACSEQ:FASTQ_FASTQC_UMITOOLS_TRIMGALORE:TRIMGALORE

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

  nf-core/atacseq#377 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 10/8/2024

• New release please?

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  nf-core/atacseq#373 · 2 commenti · Aperta il 4/7/2024

• Feature Request: call peaks for each replicate (diffbind), not only the merged data

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  nf-core/atacseq#367 · 5 commenti · Aperta il 28/6/2024

• suggestion: use samtools view --uncompressed before piping in bamtools_filter

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  nf-core/atacseq#346 · Aperta il 26/1/2024

• Feature Request: summary table for each sample

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  nf-core/atacseq#345 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 26/1/2024

• bam_csi_index parameter for ATACSeq

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  nf-core/atacseq#343 · Aperta il 20/12/2023

• implement the bam_csi_index parameter in atacseq pipeline

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  nf-core/atacseq#340 · Aperta il 27/10/2023

• MAKE_GENE_BED making 0kb .bed files

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  nf-core/atacseq#334 · Aperta il 6/9/2023

• Biotype analysis using featureCounts

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  nf-core/atacseq#188 · Aperta il 11/8/2022

• Peak calling parameters might not be ideal

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  nf-core/atacseq#169 · 3 commenti · Aperta il 17/2/2022

• Genome annotation (gene names) missing in IGV session file

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  nf-core/atacseq#168 · 1 commento · Aperta il 17/2/2022

• Does nf-core/atacseq apply an offset to each ATAC-seq fragment?

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  nf-core/atacseq#164 · 3 commenti · 2 reazioni · Aperta il 22/9/2021

• Addition of peak-calling with Genrich

  Forse di nuovo libera @samuelruizperez l’ha presa 1140 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  nf-core/atacseq#108 · 2 reazioni · 2 assegnatari · Aperta il 13/6/2020

• Adding the feature of shifting and splitting the reads

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  nf-core/atacseq#91 · 4 commenti · 2 reazioni · Aperta il 4/3/2020

• Implement Hidden-Markow-Models implemented in ChromstaR for genome-wide characterization of open chromatin landscape

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  nf-core/atacseq#89 · Aperta il 28/2/2020