modkit v0.6.3 error when running on remora generated modbam
@ArtRand がすでに取り組んでいます。
2026年6月9日 から。
評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 48/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- rust
- 領域
- bioinformatics, cli
調査の方向性
Start by reproducing the failure with modkit extract read-stats remora_calls.bam remora_read_stats6.tsv --mod-codes C:m on modkit v0.6.3, then compare it with v0.6.0 and the reported reader thread paniced error. Done means the v0.6.3 command completes and produces the requested read-stats table without the reader thread panic.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Good afternoon,
I have used older versions of modkit to extract read information to tables from modbams generated with remora with no issues. However, I have been trying to do the same with v0.6.3 and keep getting errors.
I tried running the following:
modkit extract read-stats remora_calls.bam remora_read_stats6.tsv --mod-codes C:m
and have been getting the following error partway into generation of the table:
[ERROR] Error! reader thread paniced, Any { .. }
Running modkit extract calls on the same bam file using version 0.6.0 does not have this problem. Ideally, I'd like to use the newest version of modkit so I can extract read-stats, rather than the calls file, so if you have any advice on how to proceed, I would appreciate it!
- 主要言語
- Rust
- スター
- 281
- フォーク
- 35
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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