modkit v0.6.3 error when running on remora generated modbam
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 48/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
Start by reproducing the failure with modkit extract read-stats remora_calls.bam remora_read_stats6.tsv --mod-codes C:m on modkit v0.6.3, then compare it with v0.6.0 and the reported reader thread paniced error. Done means the v0.6.3 command completes and produces the requested read-stats table without the reader thread panic.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Good afternoon,
I have used older versions of modkit to extract read information to tables from modbams generated with remora with no issues. However, I have been trying to do the same with v0.6.3 and keep getting errors.
I tried running the following:
modkit extract read-stats remora_calls.bam remora_read_stats6.tsv --mod-codes C:m
and have been getting the following error partway into generation of the table:
[ERROR] Error! reader thread paniced, Any { .. }
Running modkit extract calls on the same bam file using version 0.6.0 does not have this problem. Ideally, I'd like to use the newest version of modkit so I can extract read-stats, rather than the calls file, so if you have any advice on how to proceed, I would appreciate it!
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 276
- Fork
- 33
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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