Orchestrating Microbiome Analysis

microbiome/OMA は初心者に優しい?

microbiome/OMA への外部コントリビューターの PR が最近は少なく、どのくらいマージされるかはまだ言えません。 初心者向けの issue が現在 3 件オープンです。

スター
112
フォーク
59
オープンの初心者向け issue
3
索引済み issue
49
平均マージ
2日 6時間
マージ済み PR(30日)
8
主要言語
TeX
ライセンス
ライセンスのデータがありません
最終 GitHub push
2026年10月17日
最新の索引
2026年10月19日
コントリビューションガイド
コントリビューションガイドがありません
行動規範
行動規範がありません
初心者向けラベル
good first issue

microbiome/OMA にコントリビュートするには

  1. コントリビューションガイドはないので、README と最近マージされた PR をいくつか読んで、変更の出し方をつかみましょう。
  2. Dockerfile または Docker Compose ファイルがあるので、ツールチェーン一式を入れなくても動かせます。
  3. 下にある 3 件の初心者向けのオープンな issue から 1 つ選び、作業を始める前に取り組みたいとコメントしましょう。
issue を読み込んでいます

誰かが対応中かもしれないイシューは最後に並べています。 すべて日付順に表示

  • RPCA vs. rarefaction reference
    オープン

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100

    microbiome/OMA#911 ·

  • Multi-omics chapters
    オープン

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

    microbiome/OMA#909 · コメント 4 件 ·

  • tidyplots
    オープン

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    microbiome/OMA#906 ·

  • Bioc book instructions
    オープン

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 35/100

    microbiome/OMA#867 ·

  • PERMANOVA final output table
    オープン

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100

    microbiome/OMA#863 ·

  • Data-leakage in ML examples
    オープン
    G2: AI

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 52/100

    microbiome/OMA#861 ·

  • Some code is too complex
    オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 52/100

    microbiome/OMA#859 ·

  • Two book versions now
    再び着手できるかも @0xMuluh が 120 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

    microbiome/OMA#856 · コメント 6 件 · 担当者 1 名 ·

  • Use of r2u Docker images to speed up image building
    オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 55/100

    microbiome/OMA#845 · コメント 1 件 ·

  • GitHub Actions failure
    オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    microbiome/OMA#828 · コメント 4 件 ·

  • Improve rarefaction docs: move explanation earlier & show `niter` usage for alpha/beta diversity
    オープン
    documentation enhancement G4: adoption good first issue

    難易度 2/5 半日 初心者へのやさしさ 82/100

    microbiome/OMA#823 ·

  • Association chapter
    オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    microbiome/OMA#815 ·

  • Chapter 18 overlap with network chapters
    オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    microbiome/OMA#814 · コメント 3 件 ·

  • mikropml update
    オープン
    G2: AI

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

    microbiome/OMA#803 · コメント 12 件 ·

  • Docker - GenomeInfoDb
    オープン

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 45/100

    microbiome/OMA#790 ·

  • Enforce certain code styling across the book
    オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 42/100

    microbiome/OMA#780 · コメント 4 件 ·

  • Transformation recommendations
    オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    microbiome/OMA#779 · コメント 2 件 ·

  • Time series chapters
    オープン

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 35/100

    microbiome/OMA#774 · コメント 2 件 ·

  • Inconsistent filenames in Docker image in relation to OMA book
    オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100

    microbiome/OMA#769 · コメント 4 件 ·

  • Diversity and taxonomy level + transformation
    オープン

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 55/100

    microbiome/OMA#767 · コメント 2 件 ·

  • migration of 'Tools-Microbiome-Analysis' web resource to OMA
    再び着手できるかも @TuomasBorman が 501 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン
    documentation enhancement G4: adoption

    microbiome/OMA#756 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 ·

  • ReducedExperiment
    再び着手できるかも @Sadia12345 が 16 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

    難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 55/100

    microbiome/OMA#748 · コメント 2 件 ·

  • Add a better example of agglomerateByVariable usage
    オープン

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 58/100

    microbiome/OMA#740 · コメント 6 件 ·

  • References to DAA chapter
    再び着手できるかも @0xMuluh が 570 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

    microbiome/OMA#687 · コメント 5 件 · 担当者 1 名 ·

  • Develop Carpentries tutorial?
    オープン
    G4: adoption

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    microbiome/OMA#650 ·

  • Ordination methods, interpretation
    オープン

    難易度 2/5 半日 初心者へのやさしさ 45/100

    microbiome/OMA#511 · コメント 3 件 ·

  • Update Multi-omics chapter to use SE/TSE framework
    オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    microbiome/OMA#477 ·

  • QMP example data
    再び着手できるかも @ShadmanIshraq が 903 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

    microbiome/OMA#470 · コメント 2 件 · 担当者 2 名 ·

  • Integrate new multiomic chapters in the book view
    オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 25/100

    microbiome/OMA#437 · コメント 2 件 ·

  • Use a different MAE data for more meaningful MOFA results
    オープン

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    microbiome/OMA#321 · コメント 1 件 ·

  • Compare to OSCA & OSTA books
    再び着手できるかも @antagomir が 752 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

    microbiome/OMA#272 · コメント 4 件 · 担当者 1 名 ·

  • Nice table examples
    再び着手できるかも @0xMuluh が 752 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

    microbiome/OMA#250 · 担当者 1 名 ·

  • Relation between OMA tutorial and website?
    再び着手できるかも @TuomasBorman が 822 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

    microbiome/OMA#247 · コメント 4 件 · 担当者 2 名 ·

  • Accessible color palettes as the recommended default for OMA
    オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 42/100

    microbiome/OMA#197 · コメント 1 件 ·

  • neatmap / neatsort
    再び着手できるかも @0xMuluh が 822 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

    microbiome/OMA#146 · コメント 25 件 · 担当者 2 名 ·

  • Heatmap tools in SEtools package
    再び着手できるかも @TuomasBorman が 1761 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

    microbiome/OMA#127 · コメント 5 件 · 担当者 2 名 ·

  • batch effects
    再び着手できるかも @antagomir が 1939 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

    microbiome/OMA#13 · コメント 3 件 · 担当者 1 名 ·

  • IntegratedLearner chapter uses the removed `IntegratedLearnerFromMAE()`
    対応中かも @0xMuluh が 21 日前に担当しました。 オープン

    microbiome/OMA#902 · 担当者 1 名 ·

  • Clarification for ML data preprocessing
    対応中かも @0xMuluh が 65 日前に担当しました。 オープン
    G2: AI

    難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 35/100

    microbiome/OMA#860 ·

  • Confusion/Error on filtering out zero-variance features
    対応中かも @0xMuluh が 65 日前に担当しました。 オープン

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 42/100

    microbiome/OMA#822 ·

  • Clarification for IntegratedLearner preprocessing
    対応中かも @0xMuluh が 65 日前に担当しました。 オープン
    G2: AI

    難易度 1/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 35/100

    microbiome/OMA#817 ·

  • Citations to open data resources
    対応中かも @raivo-otus が 394 日前に担当しました。 オープン

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 28/100

    microbiome/OMA#816 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 ·

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