microbiome/OMA

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Orchestrating Microbiome Analysis

microbiome/OMA è adatto ai principianti?

Abbiamo visto troppo poche pull request recenti di contributori esterni su microbiome/OMA per dire quanto spesso vengono accettate. In questo momento sono aperte 2 issue adatte ai principianti.

Stelle
112
Fork
59
Issue aperte per principianti
2
Issue indicizzate
49
Merge medio
2g 6h
PR unite (30g)
8
Lingua principale
TeX
Licenza
Nessun dato sulla licenza
Ultimo push su GitHub
17/10/2026
Ultima indicizzazione
19/10/2026
Nessuna guida per i contributori
Nessun codice di condotta
Label per principianti
good first issue

Come contribuire a microbiome/OMA

  1. Non c'è una guida per contribuire: parti dal README e da alcune pull request accettate di recente per capire come si propongono le modifiche.
  2. Include un Dockerfile o un file Docker Compose, quindi puoi avviarlo senza installare tutta la sua toolchain.
  3. Scegli una delle 2 issue aperte adatte ai principianti qui sotto e, prima di iniziare, scrivi in un commento che vuoi occupartene.
Adatte ai principianti Tutto
Aperta Tutte

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

  • RPCA vs. rarefaction reference
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

    microbiome/OMA#911 ·

  • Multi-omics chapters
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

    microbiome/OMA#909 · 4 commenti ·

  • tidyplots
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    microbiome/OMA#906 ·

  • Bioc book instructions
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

    microbiome/OMA#867 ·

  • PERMANOVA final output table
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

    microbiome/OMA#863 ·

  • Data-leakage in ML examples
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    G2: AI

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

    microbiome/OMA#861 ·

  • Some code is too complex
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

    microbiome/OMA#859 ·

  • Two book versions now
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    microbiome/OMA#856 · 6 commenti · 1 assegnatario ·

  • Use of r2u Docker images to speed up image building
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

    microbiome/OMA#845 · 1 commento ·

  • GitHub Actions failure
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

    microbiome/OMA#828 · 4 commenti ·

  • Improve rarefaction docs: move explanation earlier & show `niter` usage for alpha/beta diversity
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    documentation enhancement G4: adoption good first issue

    Difficoltà 2/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 82/100

    microbiome/OMA#823 ·

  • Association chapter
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

    microbiome/OMA#815 ·

  • Chapter 18 overlap with network chapters
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

    microbiome/OMA#814 · 3 commenti ·

  • mikropml update
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    G2: AI

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    microbiome/OMA#803 · 12 commenti ·

  • Docker - GenomeInfoDb
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

    microbiome/OMA#790 ·

  • Enforce certain code styling across the book
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

    microbiome/OMA#780 · 4 commenti ·

  • Transformation recommendations
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

    microbiome/OMA#779 · 2 commenti ·

  • Time series chapters
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

    microbiome/OMA#774 · 2 commenti ·

  • Inconsistent filenames in Docker image in relation to OMA book
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

    microbiome/OMA#769 · 4 commenti ·

  • Diversity and taxonomy level + transformation
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

    microbiome/OMA#767 · 2 commenti ·

  • migration of 'Tools-Microbiome-Analysis' web resource to OMA
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    documentation enhancement G4: adoption

    microbiome/OMA#756 · 2 commenti · 1 assegnatario ·

  • ReducedExperiment
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 55/100

    microbiome/OMA#748 · 2 commenti ·

  • Add a better example of agglomerateByVariable usage
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 58/100

    microbiome/OMA#740 · 6 commenti ·

  • References to DAA chapter
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    microbiome/OMA#687 · 5 commenti · 1 assegnatario ·

  • Develop Carpentries tutorial?
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    G4: adoption

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    microbiome/OMA#650 ·

  • Ordination methods, interpretation
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 2/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 45/100

    microbiome/OMA#511 · 3 commenti ·

  • Update Multi-omics chapter to use SE/TSE framework
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

    microbiome/OMA#477 ·

  • QMP example data
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    microbiome/OMA#470 · 2 commenti · 2 assegnatari ·

  • Integrate new multiomic chapters in the book view
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

    microbiome/OMA#437 · 2 commenti ·

  • Use a different MAE data for more meaningful MOFA results
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    microbiome/OMA#321 · 1 commento ·

  • Compare to OSCA & OSTA books
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    microbiome/OMA#272 · 4 commenti · 1 assegnatario ·

  • Nice table examples
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    microbiome/OMA#250 · 1 assegnatario ·

  • Relation between OMA tutorial and website?
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    microbiome/OMA#247 · 4 commenti · 2 assegnatari ·

  • Accessible color palettes as the recommended default for OMA
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

    microbiome/OMA#197 · 1 commento ·

  • neatmap / neatsort
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    microbiome/OMA#146 · 25 commenti · 2 assegnatari ·

  • Heatmap tools in SEtools package
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    microbiome/OMA#127 · 5 commenti · 2 assegnatari ·

  • batch effects
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    microbiome/OMA#13 · 3 commenti · 1 assegnatario ·

  • IntegratedLearner chapter uses the removed `IntegratedLearnerFromMAE()`
    Forse già presa Aperta
    • Qualcosa non va?

    microbiome/OMA#902 · 1 assegnatario ·

  • Clarification for ML data preprocessing
    Forse già presa Aperta
    • Qualcosa non va?
    G2: AI

    Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 35/100

    microbiome/OMA#860 ·

  • Confusion/Error on filtering out zero-variance features
    Forse già presa Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

    microbiome/OMA#822 ·

  • Clarification for IntegratedLearner preprocessing
    Forse già presa Aperta
    • Qualcosa non va?
    G2: AI

    Difficoltà 1/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

    microbiome/OMA#817 ·

  • Citations to open data resources
    Forse già presa Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 28/100

    microbiome/OMA#816 · 2 commenti · 1 reazione ·

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