Expand tables to include other NWB items (e.g., pharmacology, slices)
まだ誰も着手していません。
評価
調査の方向性
まず element-lab PR 11 と、リンクされている commons/virus.py の例を読み、次に element_session.session.Session と提案されているエントリーポイント SessionGeneral_to_nwb_dict を調べます。薬理学、slices、手術、ウイルスのデータを session テーブルと NWB エクスポートにどのようにマッピングするかを決定します。合意されたスキーマと、それに対応するエクスポート値が揃えば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
- NWB items discussed as part of
element-labPR 11 could be included inelement-session. - Viruses, in particular, could be fully specified by a separate schema, example here.
#example table definition
pharmacology = '' : varchar(2048) # Drugs used, how/when administered
slices='' : varchar(2048) # If slicing, preparation thickness, orientation, temperature, and bath solution
surgery='' : varchar(2048) # Description of surger(y/ies), who performed, when relative to other events
->virus.Viruses='' : varchar(2048) # ID, source, date made, injection loc, volume
# example export feature
def SessionGeneral_to_nwb_dict(session_key=None):
"""
Generate a dictionary object containing relevant project information
(e.g., experimental description, related publications, etc.).
:param session_key: Key specifying one entry in element_session.Session
:return: dictionary with NWB parameters
"""
if session_key is not None:
sess_info = (session.Session & session_key).fetch1()
return dict(
pharmacology=sess_info.get('pharmacology', ''),
slices=sess_info.get('slices', ''),
source_script=sess_info.get('repositoryurl', ''),
surgery=sess_info.get('surgery', ''),
virus=sess_info.get('virus', '') # needs more specification
)
else: return {}
- 主要言語
- Python
- スター
- 1
- フォーク
- 17
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
datajoint/element-session のほかの issue
-
longblob silently stores str(array) under DataJoint 2.x — 2 affected attributes, no error raisedオープン
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100
datajoint/element-session#43 · コメント 2 件 ·
datajoint/element-session の issue をすべて見る
似ている issue
-
enhancement good first issue
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100
hatchet-dev/hatchet#5179 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
python-version
難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 88/100
-
bug
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 62/100
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
bug javascript P2-medium python release:v3.1
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100
adrirubio/claude-deck#546 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信