Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Expand tables to include other NWB items (e.g., pharmacology, slices)

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#9 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
database

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách đọc element-lab PR 11 và ví dụ commons/virus.py được liên kết, sau đó kiểm tra element_session.session.Session và entry point được đề xuất SessionGeneral_to_nwb_dict. Xác định cách ánh xạ dữ liệu về dược lý, slices, phẫu thuật và virus vào các bảng session và quá trình xuất NWB; công việc được hoàn tất khi có schema đã thống nhất và các giá trị được xuất tương ứng.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

enhancement NWB
  • NWB items discussed as part of element-lab PR 11 could be included in element-session.
  • Viruses, in particular, could be fully specified by a separate schema, example here.
#example table definition
pharmacology = ''  : varchar(2048) # Drugs used, how/when administered
slices=''          : varchar(2048) # If slicing, preparation thickness, orientation, temperature, and bath solution
surgery=''         : varchar(2048) # Description of surger(y/ies), who performed, when relative to other events
->virus.Viruses='' : varchar(2048) # ID, source, date made, injection loc, volume

# example export feature
def SessionGeneral_to_nwb_dict(session_key=None):
    """
    Generate a dictionary object containing relevant project information
        (e.g., experimental description, related publications, etc.).
    :param session_key: Key specifying one entry in element_session.Session
    :return: dictionary with NWB parameters
    """
    if session_key is not None:
        sess_info = (session.Session & session_key).fetch1()
        return dict(
            pharmacology=sess_info.get('pharmacology', ''),
            slices=sess_info.get('slices', ''),
            source_script=sess_info.get('repositoryurl', ''),
            surgery=sess_info.get('surgery', ''),
            virus=sess_info.get('virus', '') # needs more specification
        )
    else: return {}
Ngôn ngữ chính
Python
Star
1
Fork
17
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của datajoint/element-session

Tất cả issue của datajoint/element-session

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.