Expand tables to include other NWB items (e.g., pharmacology, slices)
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评估
调研方向
先阅读 element-lab PR 11 以及链接的 commons/virus.py 示例，然后检查 element_session.session.Session 和提议的入口点 SessionGeneral_to_nwb_dict。确定药理学、slices、手术和病毒数据应如何映射到 session 表和 NWB 导出中；完成条件是达成一致的 schema，并导出相应的值。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
- NWB items discussed as part of
element-labPR 11 could be included inelement-session. - Viruses, in particular, could be fully specified by a separate schema, example here.
#example table definition
pharmacology = '' : varchar(2048) # Drugs used, how/when administered
slices='' : varchar(2048) # If slicing, preparation thickness, orientation, temperature, and bath solution
surgery='' : varchar(2048) # Description of surger(y/ies), who performed, when relative to other events
->virus.Viruses='' : varchar(2048) # ID, source, date made, injection loc, volume
# example export feature
def SessionGeneral_to_nwb_dict(session_key=None):
"""
Generate a dictionary object containing relevant project information
(e.g., experimental description, related publications, etc.).
:param session_key: Key specifying one entry in element_session.Session
:return: dictionary with NWB parameters
"""
if session_key is not None:
sess_info = (session.Session & session_key).fetch1()
return dict(
pharmacology=sess_info.get('pharmacology', ''),
slices=sess_info.get('slices', ''),
source_script=sess_info.get('repositoryurl', ''),
surgery=sess_info.get('surgery', ''),
virus=sess_info.get('virus', '') # needs more specification
)
else: return {}
- 主要语言
- Python
- 星标
- 1
- 派生
- 17
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
- 提供 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
datajoint/element-session 的其他 Issue
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