Hacktoberfest 2026：メンテナが10月に向けて印を付けた、オープンで初心者向けの issue。 Hacktoberfest の issue を見る

Conformer generation isn't deterministic

オープン
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@sevyharris がすでに取り組んでいます。

2025年2月18日 から。

評価

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説明

When you create a new AutoTST species, it gets the geometry from RDKit's Embed functionality without using a random seed, so you get a different result each time.

Here are 3 different versions of butane AutoTST gives you if create the species 3 times.

import ase
import ase.visualize
import autotst.species

my_ase_atoms = []
for i in range(3):
    my_species = autotst.species.Species(smiles=['CCCC'])
    my_ase_atoms.append(my_species.conformers['CCCC'][0].get_ase_mol())
    
ase.visualize.view(my_ase_atoms[0] + my_ase_atoms[1] + my_ase_atoms[2], viewer='x3d')

Image

This is a problem if you have a workflow that has to rebuild AutoTST objects every time it restarts. We should set the random seed.

主要言語
Python
スター
51
フォーク
19
30日以内にマージされた PR はありません

環境構築

このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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