GROMACS Prepare: topologies for small molecules (alkanes and other organic liquids, docked ligands)
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評価
調査の方向性
Start by reading help/src/gromacs-prepare.md to see current protein/mineral-only limitations and locate the GROMACS Prepare code. Examine how topologies are built and where external tools (gmx x2top, acpype) could be hooked in. Done means arbitrary small molecules (alkanes, docked ligands) get valid topologies, coordinated with #455.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
GROMACS Prepare handles proteins and minerals only (help/src/gromacs-prepare.md: ligands and force fields built by ECCE are not supported). Two planned uses need a topology for an arbitrary small molecule:
- a diffusion/viscosity teaching example: water vs long alkane chains (C16 or C30), mean-square displacement of each;
- the docking hand-off (#455 stage 2): a docked ligand in its protein for an MD run of the complex.
Routes: OPLS-AA through gmx x2top for simple hydrocarbons (types alkane C/H from the GROMACS force-field files); GAFF (acpype or an equivalent) for general organic ligands. A box of N copies of one molecule (gmx insert-molecules) for the neat liquids.
Placed with #455.
- 主要言語
- C
- スター
- 10
- フォーク
- 8
- 平均マージ
- 1時間 45分
- マージ済み PR（30日）
- 5
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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