GROMACS Prepare: topologies for small molecules (alkanes and other organic liquids, docked ligands)
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 45/100
Línea de trabajo
Start by reading help/src/gromacs-prepare.md to see current protein/mineral-only limitations and locate the GROMACS Prepare code. Examine how topologies are built and where external tools (gmx x2top, acpype) could be hooked in. Done means arbitrary small molecules (alkanes, docked ligands) get valid topologies, coordinated with #455.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
GROMACS Prepare handles proteins and minerals only (help/src/gromacs-prepare.md: ligands and force fields built by ECCE are not supported). Two planned uses need a topology for an arbitrary small molecule:
- a diffusion/viscosity teaching example: water vs long alkane chains (C16 or C30), mean-square displacement of each;
- the docking hand-off (#455 stage 2): a docked ligand in its protein for an MD run of the complex.
Routes: OPLS-AA through gmx x2top for simple hydrocarbons (types alkane C/H from the GROMACS force-field files); GAFF (acpype or an equivalent) for general organic ligands. A box of N copies of one molecule (gmx insert-molecules) for the neat liquids.
Placed with #455.
- Lenguaje dominante
- C
- Estrellas
- 10
- Forks
- 8
- Merge medio
- 1 h 45 min
- PR fusionados (30 d)
- 5
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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