Dimension incompatibility of NRRD files with ITK-snap
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評価
調査の方向性
まず、DeepAtlas パイプラインが出力 NRRD ファイルを書き込む場所を追跡し、表示されているヘッダーがどのように生成されるかを調べます。ALDH1L1.nrrd を使用して ITK-Snap で失敗を再現し、その後、ヘッダーを手動で書き直さなくても生成されたファイルを読み取れることを確認します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
The output NRRD files from the DeepAtlas pipeline cannot be read by ITK-snap visualization software.
The problem seems to be linked to the header setting.
Here is the error encountered:
/data/hippogang/build/buildbot/Nightly/itk/v5.2.1/itk/Modules/IO/NRRD/src/itkNrrdImageIO.cxx:292:
itk::ERROR: NrrdImageIO(0x561df21fdfb0): ReadImageInformation: Error reading /gpfs/bbp.cscs.ch/project/proj137/piluso/atlas-densities/data/ccfv2/marker_volumes/ALDH1L1.nrrd:
[nrrd] nrrdLoad: trouble reading "/gpfs/bbp.cscs.ch/project/proj137/piluso/atlas-densities/data/ccfv2/marker_volumes/ALDH1L1.nrrd"
[nrrd] nrrdRead: trouble
[nrrd] _nrrdRead: trouble reading NRRD file
[nrrd] _nrrdFormatNRRD_read: trouble parsing space directions info |(25,0,0) (0,25,0) (0,0,25)|
[nrrd] _nrrdReadNrrdParse_space_directions: trouble getting space vector 4 of 4
[nrrd] _nrrdSpaceVectorParse: hit end of string before seeing (
with the header being:
OrderedDict([('type', 'float'), ('dimension', 4), ('space dimension', 3), ('sizes', array([528, 320, 456, 3])), ('space directions', array([[25., 0., 0.],
[ 0., 25., 0.],
[ 0., 0., 25.]])), ('endian', 'little'), ('encoding', 'gzip'), ('space origin', array([0., 0., 0.]))])
When rewriting the raw data in modifying the header:
OrderedDict([('type', 'float'), ('dimension', 3), ('sizes', array([528, 320, 456])), ('endian', 'little'), ('encoding', 'gzip')])
ITK-snap is able to read the output NRRD file.
- 主要言語
- Python
- スター
- 4
- フォーク
- 2
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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